在2013中国农村卫生大会上，国家卫计委有关人士坦率相告：新农合次均住院费用下降不明显，乡镇卫生院整体负债约450亿，基础设施仍然很薄弱。这或许解释了我国基层乡镇因何“看病难，看病贵”。
据21世纪经济报道，国家卫计委官方网站公布的数据显示，与去年同期比较，今年1-7月，全国三级公立医院次均住院费用按当年价格上涨3.1%，按可比价格上涨0.7%；二级公立医院次均住院费用按当年价格同比上涨2.1%，按可比价格同比下降0.3%，乡镇卫生院的费用增长之快可见一斑。
“乡镇卫生院绩效管理研究”课题主持者徐杰表示，包括安徽在内，课题组所调研的3省13个县状况都是如此。由于基本药物制度实施之后药品不够使用、药品零差率补偿不到位，乡镇卫生院普遍出现“高价药挡不住，低价药配不上”的状况。知情人士更表示，医药代表早已“深入基层”。
卫计委基层司副司长聂春雷不仅较为含蓄地指出新农合反映的乡镇卫生院次均住院费用“下降不明显”，同时，还在总结农村卫生改革面临的问题时直言，医药费用不合理增长较快，新农合经办机构管理能力有待加强和提高。
不仅如此，乡镇卫生院整体的债务问题仍然十分突出。卫计委基层司农卫处处长张并立透露，全国乡镇卫生院实际负债约在450亿元。以江西省某试点卫生院为例，其实际负债100多万，远远超过平均10万元的预估水平。
据了解，截至2013年2月，全国共有乡镇卫生院37097所，官方数据称98.8%由政府举办。然而就连卫计委系统人士亦对此持保留态度：“仅辽宁省就有一半的卫生院被承包了。”
事实上，“政府不可能包下这么多卫生院。”湖南省益阳市下辖桃江马迹塘镇卫生院院长熊钢称，别说基础设施建设，当地财政对卫生院的人头经费都难以足额发放。
由于待遇难以保障，农村卫生人员流失严重。卫计委的数据称，乡镇卫生院中、高级职称人员流失率达到10%左右，乡村两级卫技人员老化严重，年龄超过55岁的占24.3%。“农村卫生的人才问题，10年来都是如此。”张并立坦言。
张并立透露，下一步将继续明确乡镇卫生院“基本医疗”的功能定位，继续提升其服务能力。同时还将开展乡镇卫生院评审工作，卫计委已在着手制订方案，希望明年能开始实施。他表示，不会完全照搬现行的三级医院评审制度，而将考虑乡镇卫生院的特点。
