根据农业部农技推广中心的数据，中国有机肥施用量占肥料总投入量的比例，从1949年的99.9%到1990年的37.4%，2000年降至30.6%，2003年降至25%。有机、无机配合是中国农田施肥的方向与原则。单纯依赖化肥和排斥化肥，在全国实施有机农业都是行不通的。中国适宜的有机肥与化肥施用比例是：一般田50%比50%，高产田40%比60%，低产田60%比40%。
据农业部估算，2002年中国有机肥资源量约为48.8亿吨。其中，畜禽粪便20.4亿吨，堆沤肥约20.2亿吨，秸秆约7亿吨，饼肥2000多万吨，绿肥约1亿多吨。每年来自农业内部的有机物质为40亿吨，含氮磷钾养分5316万吨。粪尿类占资源量的78.7%，可提供养分3463.2万吨。
根据2005年采集14个省（市）184个有机肥样品的测定结果，污泥、猪粪、鸡粪、堆肥与厩肥对环境的污染程度最高。畜禽粪便中的有机物污染物主要是通过饲料添加剂进入。国内研究也已证实，有机肥中存在POPS（持久性有机污染物），如多环芳烃、有机氯类等。
中国有机肥施用比例下降有以下危害：一是农业废弃物大量堆积，养分流失，污染环境。10余省份的调查资料显示，农业废弃物所占的份额达到35%-40%。二是土壤与作物严重缺钾，使土壤肥力减退十分严重。三是化肥用量增加，利用率下降，提高了农产品成本，降低了农民收入，影响了农业的可持续发展。（中国农科院农业资源与区划所研究员 黄鸿翔）
