产品结构不合理
目前中国农药品种和产量都是以杀虫剂和除草剂为主，杀菌剂相对较少，绝大多数品种为市场较为成熟、技术要求相对较低的仿制品种，创制品种市场化进程缓慢。另外，同品种生产企业数量众多，产能过剩，缺乏品种创新与技术创新，专业化程度低，协作性差。目前，中国可生产农药剂型近千种，平均每种原药只能加工4～5种剂型，而国外一种原药可加工成为十几种、甚至几十种剂型。当前，国外主要发展不用溶剂或少用溶剂的液剂或水分散粒剂、片剂，而国内农药剂型仍以乳剂、可湿性粉剂、粉剂和颗粒剂为主，其中乳剂占农药总产量的50%，不仅浪费了大量有机溶剂，而且对环境产生污染。
企业结构不合理
2003年以来，通过提高新企业准入条件、延续核准、清理整顿生产批准证书等措施，一批落后企业被淘汰。但农药企业多、小、散、乱的问题仍未根本解决；企业微利或亏损，无力进行技术升级；农药行业仍没有具有国际竞争能力的龙头企业，在产品出口上互相压价。
2005年底，国内获得有效农药生产许可证和农药生产批准证书的生产企业共有1821家，而农药部分销售额超过10亿元的仅有4家企业，其中最大的企业红太阳集团有限公司，农药部分销售额也仅20亿元左右。相比之下，2005年世界农药销售排名前6位的企业中，销售额最小的美国杜邦公司也达到23亿美元。
从区域分布来看，虽然原药生产企业主要集中在江苏、浙江和山东三省，但基本还是承袭计划经济年代的分布模式，企业之间各自为阵，没有形成生产较为集中的农药工业园。近年来，还出现原药企业向中西部转移、输出污染的现象。
技术创新能力弱
十五期间，国家实施了科技攻关计划重大项目新农药创制研究与产业化关键技术开发，实现了中国具有自主知识产权的农药品种零的突破，21个具有自主知识产权的创制品种取得了农药登记。但与发达国家相比，中国农药科研开发水平还存在较大的差距，每个创制品种投入的资金量仅为发达国家的1％～2％；创制品种市场推广后劲严重不足，国内市场销售额超过5000万元的创制品种只有一二个；还没有建立起符合国际标准的农药科研开发体系。
2005年，中国农药工业整体研发投入占销售收入的比重平均不到1％，仅有个别企业达到2％以上，而同期部分跨国农药集团的这一比重高达10%以上。中国农药产品更新换代缓慢，在国际分工中处于低端。
当前，国外农药生产已实现了高度自动化，产品收率高，质量稳定。而国内大多数企业操作控制主要还是采用就地控制或手动调控，致使中国农药原药收率平均比国外低10％左右，含量低10％～25％。
高消耗与重污染突出
国内大部分农药原药生产能耗较大，环境污染严重，附加值较低，生产过程中未反应的原材料和副产物回收率很低；大部分原药生产企业规模小，大部分环保装置运行不正常或根本不运行；绝大部分农药加工企业没有三废处理装置。
中国农药剂型主要是乳油、可湿粉和颗粒剂，水基化剂型少，农药使用缺乏科学性，使得大量有机溶剂和添加剂随着农药施用进入自然环境，污染较为严重。此外农药包装物（塑料瓶、袋）基本没有回收，也对环境和人身安全造成了危害。
营销和管理落后
国外农药生产企业十分重视市场的变化，在主要市场均有派驻机构，聘用熟悉本地情况、具有化工和植保经验的专业人员进行推销，到农村作田间试验和指导用药，召开现场推广会，及时收集反馈信息，进行农药剂型、使用方法甚至施药器械的改进。而国内企业目前在农药生产、销售和使用上相互脱节的现象还很严重，同一个品种的推广速度往往落后于外国公司。
国际市场开拓能力弱
各国政府对农药的市场准入都有非常严格的规定和管理。中国的大部分农药产品在发达国家还没有取得进入许可证。在农药生产管理和质量保证体系方面，中国与发达国家仍有一定差距，农药企业普遍缺少有国际市场运作经验的专业人才，国际化能力薄弱。
虽然中国农药的出口额较大，但绝大部分产品是以原药形式进入国际市场的。如中国大量出口的草甘膦，是经过国外公司进一步加工成制剂或打上其标签后，才以农药身份进入发达国家市场的。
