1、政府管理部门众多，相互间衔接、协调不够
农药是一种特殊商品，生产经营管理涉及农业、发改、商务、工商、质检、专利、环保以及公安等多个政府部门。从农药企业投资审批、农药登记、生产许可证发放到农药经销审批和注册登记，以及环境保护和打假等等，各个部门都从各自的职能出发，进行农药生产经营的管理，但由于部门之间缺乏协调，造成了很多问题。如农药登记过程中，有关部门没有必要的信息沟通，导致某些专利产品被其他企业登记，造成侵权现象普遍。在整顿农药经销秩序、组织农资打假等行动时，农业、公安、工商、质检等多个部门合作进行，但相互之间难以很好配合，增加了政府管理成本，降低了管理效果。
一些地方和管理部门对农药市场监督管理工作的重要性和紧迫性认识不够，执法意识淡薄，工作中缺乏有效组织和部署，部门联动和合作机制未能真正建立起来，再加上地方保护主义的影响，致使假冒伪劣产品的生产和销售屡禁不止，给守法企业的生产经营造成了不利影响，阻碍了产业升级和结构调整，损害了农民利益，也破坏了生态环境。
2、管理方式和标准有欠缺，产品质量堪忧
1997年，我国颁布了《农药管理条例》，1999年颁布了《农药管理条例实施办法》，后来又进行了修订，我国农药生产经营管理进入了法治化轨道。但在具体的生产经营管理中，还存在着生产领域管理严格、销售领域管理松散，对大企业管理严格、对中小企业管理难以顾及，对产品质量比较重视、对环境保护较为淡漠等现象。如对农药生产企业的污水排放，只有比例标准，而没有总量控制，某些企业为了达标，就加水稀释后再排放，不但污染物没有减少，还浪费了水资源。农药产品的质量标准中，只考虑药效问题，而对一些有害杂质含量没有明确限制，导致某些企业片面追求药效而忽视了可能产生的副作用。
根据国家农药质量监督检验中心（沈阳）2004年的调查，在生产企业农药产品合格率达到85%以上，但是在市场和用户手中，产品的合格率不到45%。2004年国家工商总局组织辽宁地区市场抽查，共抽到38个经销单位的60个产品，完成检验的56个产品中，合格的只有19个，合格率仅有33.9%。其中，杀虫剂的合格率为58.3%，除草剂的合格率为80.0%，而杀菌剂的合格率仅为3.7%。
而我国农药最终用户的具体情况，又加剧了产品质量可能造成的影响。我国农业绝大部分是个体化生产，农民普遍文化水平不高，在选择农药时多从短期药效或价格角度考虑，更容易选择高毒或者是不合格的农药，难以理性躲避假冒伪劣产品的损害。一是容易导致使用过程中人身安全受到伤害；二是使用不合格农药起不到应有的作用，造成损失；三是造成农产品中农药残留超标，直接影响食品安全，危害消费者身体健康；四是不利于作物的生长和环境保护，甚至导致农业生态环境的污染和破坏。
作为食品生产链的上端产品，农药质量对于食品安全的影响至关重要。我国食品安全状况不容乐观，除了加工过程中的问题外，食品生产中农药使用也是主要原因，包括使用不合格农药和过量使用农药。这种情况在我国农产品出口中也突出反映出来，农药残留已成为制约我国农产品出口的一个主要因素。
3、生产企业总体水平仍然不高
我国现有农药生产厂家2000多家，生产规模普遍较小，年销售额在一干万元以上的只占总数的17%左右，而年销售额在五百万以上的只占30%。市场占有率最高的企业只占整个市场份额的不到4%，15家最大农药企业的市场份额仅占25%左右，而世界上前8家农化集团销售额已占到全球农药市场的80%以上。
农药生产领域仍然存在一系列问题：落后甚至淘汰的技术工艺仍在使用、资源浪费严重、假冒伪劣盛行、侵权现象依然存在、污染环境等等。有些企业仅从药效出发热衷生产乳化剂产品，可融性液剂中加入了大量有机溶剂，这些产品甚至用于大田作物和水果蔬菜等，不但破坏了生态环境，还严重影响了食品安全。很多企业没有条件购买必要的环保设备，要么违规排放，要么兑水排放，对周边的居民健康和生态环境产生危害。其产品质量也难以保证，对用户的人身安全、经济上产生损害并破坏农业生态环境。据调查，我国耕地有2.5亿亩受到农药污染，占全国耕地面积的15%左右，实际上情况可能更为严重。我国532条河流中有82%的河流是被污染的，而44%的地表水污染是农业造成的。如重庆民丰农化股份有限公司虽然是上市公司，生产规模也很大，但毫无环保意识，长期把有毒废水直接排入嘉陵江，对长江上游和重庆市用水造成了严重污染，先后13次被行政处罚仍置若罔闻，2003年被列为我国十大环境违法案件之一。
我国农药生产企业研发能力弱，没有自己的核心竞争力。农药行业属于技术密集型产业，当前农药生产技术正向高科技、自动化和生物技术方向发展。我国企业每年投入的科研经费（包括国家的）不超过年销售额的2%；而国外大公司每年用于研发的费用占到年销售额的10%左右，如先正达公司2003年的销售收入为66亿美元，当年研发投入就达到7亿美元，占10.61%；拜耳和杜邦公司每年的研发投入也达到销售额的10%以上。我国企业研发投入少，研发水平相对较低，没有完善的创新体系，所以几乎没有自己的专利品牌，主要是仿制国外产品，难以培育自己的核心竞争力，在市场竞争中处于被动地位。
应该指出的是，我国农药管理中对于知识产权保护力度不够，也是企业研发投入不足的重要原因。很明显，在可以轻易仿制、假冒伪劣泛滥的情况下，企业的急功近利倾向趋强，从根本上削弱了企业研发的动力。
4、品种结构不尽合理
我国大约生产260个农药品种，产品结构与以前相比有了很大的改善，但是高毒杀虫剂农药仍占多数。目前我国三大类农药产品中，杀虫剂：除草剂：杀菌剂的产量比大概为60:30:10，与发达国家比较合理的30:50:20相差还很远。从品种内部结构看，杀虫剂中高度有机磷农药产量占70%；除草剂品种中适合油菜田、棉田、蔬菜田的品种较少，主要是适合稻田、麦田和大豆田的，可湿性粉剂、乳油占总量的70%左右，而先进的悬浮剂除草剂品种较少。在我国的农药销售中，高毒、剧毒农药仍占近50%，严重危害了食品安全。
5、农药经销秩序比较混乱
首先表现在众多经营主体不合格。一是无证经营，既没有营业执照业没有农资经营许可证；二是超范围经营，有些单位和个人只有农资经营许可证，却经营农药，或者只有零售资格却零售批发一起做；三是转让证照，一些个体经营者没有经营许可证却挂靠在供销社或农技推广站等单位的名下经营农药。据调查，目前农药经营者合法的只有不到一半。
其次是经营主体素质不高。经营者本身不懂农药，不能一般识别假冒伪劣产品；不能给予农民用药指导，难以推广科技含量高的新型农药产品；不能为农民提供产前、产中和产后的技术服务。
第三是市场竞争不平等。随着我国市场经济的进展，农药经销格局发生了很大变化，由原来的供销社一统天下演变成三足鼎立：供销社系统、农技站植保站下属的经销部和个体民营企业，尤以民营企业发展迅速，现已占到了农药销售的一半以上。但农业技术部门既是农药经营的管理部门，又是市场化的销售单位，必然会影响到公平竞争，而对于自己企业的违法违规行为，主管部门也很难进行处罚。
6、农药行业可持续发展受到局限
农药行业是个关联性强的行业，生产本身涉及资源配置、员工的健康安全、排放造成的污染等，使用过程涉及用户人身安全、作物的丰欠和质量等，长远则影响到生态环境和食品安全等，所以必须统筹协调国家、企业、员工、用户各方利益，树立科学、和谐、可持续的发展观。但由于多方面原因，农药行业宏观调控不力，市场竞争不规范，可持续发展受到很大局限。如市场准入标准过低和不明确，大量不具备基本生产经营条件的企业参与农药生产经营，不但造成资源浪费、环境污染、威胁食品安全等直接后果，而且破坏了生产企业、销售商、员工、用户和人类与环境之间的良性互动关系。
这点在农药出口中也有突出表现。我国虽然已经成为出口大国，但规模与金额并没有同步增长，反而呈现相反趋势，1995年我国农药出口3300多美元/吨，2003年仅2664美元/吨，平均价格下降了24%！此外还存在着国际上严格限制的高污染、高消耗农药生产向我国转移的情况。
