从总体上看，我国现代农业制度建设还在探索中，生产关系不适应生产力发展的现象还十分突出，现代农业制度建设任务十分艰巨。
（一）土地产权制度有待进一步明晰。在目前的农村土地制度框架下，土地归农村集体所有的所有权归属表述是清晰的，但农民拥有的土地承包经营权的产权界定并不清晰，承包与经营其内涵有无区别，承包权与经营权是同一概念，抑或是可以区分的两种权利，在理论上并无清晰的表达。鉴于此，实践中承包与经营两种权利都缺乏有效的实现形式。一是农民的承包权不充分。农民只能行使有限的占有、使用和收益权能，最重要的出租、入股、抵押等处分权利体现得并不充分。二是农民的土地经营权难以在更大范围内流动。土地经营还缺乏有效的交易平台，流转不规范，资源配置效率不高，一些地方频频出现有地无人种、有人无地种、土地粗放经营甚至撂荒现象。三是农民的土地承包经营权不平等。不能与国有土地享有同地同价同权的平等权利，导致农民在土地征用中权益频频受损。
（二）有效的农业金融供给制度尚未形成。金融是现代经济的核心，农村金融是支持服务“三农”、促进现代农业发展的重要力量。尽管最近两年农村金融改革相对于前些年长期停滞的局面有所突破，村镇银行、农村资金互助组织、小额信贷公司以及邮政储蓄银行的出现打破了多年来农村金融机构单一、缺乏竞争、体制机制改革沉闷的局面，但农村金融供给还不能有效地满足农村经济发展的需要，仍是当前制约农村经济发展的瓶颈之一。一是新型农村金融机构发展数量少，满足不了需求。目前全国仅有几十家新型农村金融机构，相对于全国2859个县级行政区域40813个乡镇数量，有限的新型农村金融机构安排远远不能适应农业农村发展的需要。而且在发展中面临着缺乏专门配套扶持政策、外部发展环境尚未改善等诸多问题。二是适合农业农村特点的担保抵押机制还没有形成。多数农户家庭经济规模小，经济状况差，缺乏有效抵押品；很多中小企业也都是小规模经营，可用作银行贷款抵押的资产不足，实力有限。适应这种特点的贷款担保抵押机制还没有形成。三是城乡金融资源配置不平衡的矛盾依然突出。截至2006年末，农村地区每万人拥有机构网点比城市地区低0．7个；农村地区每万人拥有银行从业人员比城市地区少26．4人。全国还有10％左右的乡镇没有金融机构网点。2007年全部金融机构贷款余额为26．17万亿元，其中农业贷款1．54万亿元，仅占5．88％。有50％左右的有信贷需求的农村企业和农户的贷款需求不能从正规金融机构得到满足，而只能借助于民间借贷满足急需。
（三）农业生产组织制度还不完善。建立适应现代农业发展、符合我国国情的农业生产组织制度，是现代农业制度建设的重要任务。最近几年，为了解决小生产与大市场之间的矛盾，广大农民和基层干部探索发展了农业产业化经营、农民专业合作组织、农产品行业协会、集体经济组织等多种形式的联合与合作，有力地推进了农业生产组织制度创新，提高了农民组织化程度。但是，我国农业生产组织制度还不适应现代农业发展的需要，还缺乏专门的扶持政策。一方面，参加各类生产服务组织并没有成为更广大农民群众必要的选择，在很大程度上，农民群众还没有体会到组织起来的好处；另一方面，有意愿参加各种不同生产服务组织的农民，试图解决生产技术指导、产品流通销售、规避市场和自然风险的意愿并不能及时得到有效的响应。农业生产服务组织的缺位成为制约现代农业发展的另一突出问题。一是农业生产组织发展还不规范。我国农业生产组织发展还处于初始阶段，专业化程度不高，经营理念落后，制度建设不规范，各类组织的规模经营、能力提升、资源共享的机制尚不完善，多元化农业生产组织尚未形成。二是农业社会化服务体系建设滞后。在农业服务业内部，科技研发、咨询服务、金融保险等新兴行业发育程度很低，所占比重极小；农资供应、农技推广、农机作业等常规性传统行业的比重虽然较高，但还不能有效覆盖农业产前、产中和产后全过程，不能满足农民对农业生产服务的需求。三是农户与市场的有效连接机制还没有充分建立起来。龙头企业和农民专业合作社带动农户的能力还比较弱，参加农业产业化经营和加入专业合作社的农户，分别仅占35％和13％，农业的组织化程度和集约化水平低，不能满足现代农业发展的需要。
（四）提升农业人力资本的制度不健全。不断提高农民素质，培养大批有文化、懂技术、会经营的新型农民，必须推进农业人力资本培养和提升制度化、规范化。近年来，适应现代农业发展和农村劳动力转移就业的需要，农民教育培训工作不断加强，实施了农村劳动力转移就业“阳光工程”和“新型农民科技培训工程”。但是，农业人力资本培养制度还很不健全，适应于现代农业发展的各类具有专门技艺的职业化农民群体尚未出现。一是引导人力资本流向农业的制度没有形成。随着工业化、城镇化进程的不断加快，农业比较效益低的矛盾更加突出，大量高素质青壮年农村劳动力转移就业，在农村从事农业生产的劳动力整体素质呈现结构性下降趋势。老龄化、女性化、文化素质较低成为留乡务农劳动力的主要特征，如何引导高素质劳动力流向农业经营领域成为当前发展现代农业面临的突出问题。二是农民职业化制度没有建立。农民在相当程度上仍然是一种身份的象征，而不是职业概念。农业生产兼业化严重，由于具有优秀素质和专门技艺的职业化农民缺失，一些地方和领域农业生产经营管理粗放，大大降低了稀缺农业资源利用的程度。三是农民教育培训制度有待完善。农村劳动力转移使得农民培训的对象转变为以老年人和妇女为主的留乡务农劳动力。由于年龄结构上升和文化水平下降，他们接受新知识、新技术的能力较弱，加大了农民教育培训的难度，给农民教育培训工作带来了新的要求。目前的农民培训制度从目标、内容、渠道和方式等方面还不适应这种要求，需要进一步完善。
（一）土地产权制度有待进一步明晰。在目前的农村土地制度框架下，土地归农村集体所有的所有权归属表述是清晰的，但农民拥有的土地承包经营权的产权界定并不清晰，承包与经营其内涵有无区别，承包权与经营权是同一概念，抑或是可以区分的两种权利，在理论上并无清晰的表达。鉴于此，实践中承包与经营两种权利都缺乏有效的实现形式。一是农民的承包权不充分。农民只能行使有限的占有、使用和收益权能，最重要的出租、入股、抵押等处分权利体现得并不充分。二是农民的土地经营权难以在更大范围内流动。土地经营还缺乏有效的交易平台，流转不规范，资源配置效率不高，一些地方频频出现有地无人种、有人无地种、土地粗放经营甚至撂荒现象。三是农民的土地承包经营权不平等。不能与国有土地享有同地同价同权的平等权利，导致农民在土地征用中权益频频受损。
（二）有效的农业金融供给制度尚未形成。金融是现代经济的核心，农村金融是支持服务“三农”、促进现代农业发展的重要力量。尽管最近两年农村金融改革相对于前些年长期停滞的局面有所突破，村镇银行、农村资金互助组织、小额信贷公司以及邮政储蓄银行的出现打破了多年来农村金融机构单一、缺乏竞争、体制机制改革沉闷的局面，但农村金融供给还不能有效地满足农村经济发展的需要，仍是当前制约农村经济发展的瓶颈之一。一是新型农村金融机构发展数量少，满足不了需求。目前全国仅有几十家新型农村金融机构，相对于全国2859个县级行政区域40813个乡镇数量，有限的新型农村金融机构安排远远不能适应农业农村发展的需要。而且在发展中面临着缺乏专门配套扶持政策、外部发展环境尚未改善等诸多问题。二是适合农业农村特点的担保抵押机制还没有形成。多数农户家庭经济规模小，经济状况差，缺乏有效抵押品；很多中小企业也都是小规模经营，可用作银行贷款抵押的资产不足，实力有限。适应这种特点的贷款担保抵押机制还没有形成。三是城乡金融资源配置不平衡的矛盾依然突出。截至2006年末，农村地区每万人拥有机构网点比城市地区低0．7个；农村地区每万人拥有银行从业人员比城市地区少26．4人。全国还有10％左右的乡镇没有金融机构网点。2007年全部金融机构贷款余额为26．17万亿元，其中农业贷款1．54万亿元，仅占5．88％。有50％左右的有信贷需求的农村企业和农户的贷款需求不能从正规金融机构得到满足，而只能借助于民间借贷满足急需。
（三）农业生产组织制度还不完善。建立适应现代农业发展、符合我国国情的农业生产组织制度，是现代农业制度建设的重要任务。最近几年，为了解决小生产与大市场之间的矛盾，广大农民和基层干部探索发展了农业产业化经营、农民专业合作组织、农产品行业协会、集体经济组织等多种形式的联合与合作，有力地推进了农业生产组织制度创新，提高了农民组织化程度。但是，我国农业生产组织制度还不适应现代农业发展的需要，还缺乏专门的扶持政策。一方面，参加各类生产服务组织并没有成为更广大农民群众必要的选择，在很大程度上，农民群众还没有体会到组织起来的好处；另一方面，有意愿参加各种不同生产服务组织的农民，试图解决生产技术指导、产品流通销售、规避市场和自然风险的意愿并不能及时得到有效的响应。农业生产服务组织的缺位成为制约现代农业发展的另一突出问题。一是农业生产组织发展还不规范。我国农业生产组织发展还处于初始阶段，专业化程度不高，经营理念落后，制度建设不规范，各类组织的规模经营、能力提升、资源共享的机制尚不完善，多元化农业生产组织尚未形成。二是农业社会化服务体系建设滞后。在农业服务业内部，科技研发、咨询服务、金融保险等新兴行业发育程度很低，所占比重极小；农资供应、农技推广、农机作业等常规性传统行业的比重虽然较高，但还不能有效覆盖农业产前、产中和产后全过程，不能满足农民对农业生产服务的需求。三是农户与市场的有效连接机制还没有充分建立起来。龙头企业和农民专业合作社带动农户的能力还比较弱，参加农业产业化经营和加入专业合作社的农户，分别仅占35％和13％，农业的组织化程度和集约化水平低，不能满足现代农业发展的需要。
（四）提升农业人力资本的制度不健全。不断提高农民素质，培养大批有文化、懂技术、会经营的新型农民，必须推进农业人力资本培养和提升制度化、规范化。近年来，适应现代农业发展和农村劳动力转移就业的需要，农民教育培训工作不断加强，实施了农村劳动力转移就业“阳光工程”和“新型农民科技培训工程”。但是，农业人力资本培养制度还很不健全，适应于现代农业发展的各类具有专门技艺的职业化农民群体尚未出现。一是引导人力资本流向农业的制度没有形成。随着工业化、城镇化进程的不断加快，农业比较效益低的矛盾更加突出，大量高素质青壮年农村劳动力转移就业，在农村从事农业生产的劳动力整体素质呈现结构性下降趋势。老龄化、女性化、文化素质较低成为留乡务农劳动力的主要特征，如何引导高素质劳动力流向农业经营领域成为当前发展现代农业面临的突出问题。二是农民职业化制度没有建立。农民在相当程度上仍然是一种身份的象征，而不是职业概念。农业生产兼业化严重，由于具有优秀素质和专门技艺的职业化农民缺失，一些地方和领域农业生产经营管理粗放，大大降低了稀缺农业资源利用的程度。三是农民教育培训制度有待完善。农村劳动力转移使得农民培训的对象转变为以老年人和妇女为主的留乡务农劳动力。由于年龄结构上升和文化水平下降，他们接受新知识、新技术的能力较弱，加大了农民教育培训的难度，给农民教育培训工作带来了新的要求。目前的农民培训制度从目标、内容、渠道和方式等方面还不适应这种要求，需要进一步完善。
