近年来，我国农机专业合作社发展较快，为农业生产起到了积极的促进作用。但是，随着农机专业合作社的不断发育与发展，一些矛盾与问题也逐步凸显出来，有的已经制约了其健康发展。
作业条件滞后于农机专业合作社的发展。由于合作社都是实行机械化作业，对作业的基础条件有较高要求，虽然这些年农田整改和综合治理力度加大，农业生产基础条件有较大的改善，但还是跟不上农业专业合作社发展的速度。例如，机械化植保操作，就很有必要在作业区设立蓄水池，以保证在干旱或喷施药物时的水源。机耕道、农业生产用电等方面的规划与建设也还有大量的工作要做。
服务能力跟不上农机专业合作社发展的速度。以合作社的形式把农民或农业资源整合起来，推进产业发展，要求公共服务部门不但要提供技术、信息、管理等方面的服务，还需要政策、法律、文化、资源等方面的服务，这是县和乡镇级公共服务部门或某一专业部门难以实现的。
农机专业合作社的管理水平需要进一步提高。虽然大部分农机专业合作社是农民自愿组织起来的，实行民主管理。但是，它在发展过程中不能处于无序状态，应该规范管理，积极引导，才能促进其正常发育与发展。而目前对这些农机专业合作社的管理，只注重于催生，尚未着力培育，并没有形成良好的管理体制和发展机制。
面对这些问题，农机管理部门应该怎样办？笔者认为，应从以下几个方面着力。一是要合理规划农机化生产基础条件的布局，增加机械化生产的必备设施，加大农田整改和综合治理的力度，提高土地标准化程度。二是要着力农机专业合作社操作手的技术培训和管理者管理能力的培训，加强对农机专业合作社的政策、技术、信息、风险防范等方面的指导。三是要对农机专业合作社实行归口管理与专业管理相结合的管理模式，扶持农业专业合作社健康发展；农业专业合作社也要加强自身管理，激活自我发展潜能，逐步发育成熟。
