在第二期轮训班上，来自54个农机农艺融合示范区的农机局长们就“农机农艺如何实现融合而非简单结合”、“农机部门和农艺部门如何相互包容而非互相扯皮”等问题进行了热烈讨论。多次研讨之后，学员们总结：推进农机农艺融合关键在顶层设计，各级政府应当加强组织协调。
江苏东海县周朝川局长反映，“基层经常碰到这种情况：农机部门搞现场会，农业部门也搞现场会，农业部门搞的现场会推广的是抛秧，农机部门是机插，常常让基层摸不着头脑。”相反，上海宝山区政府出面协调，建立农机主抓、农艺共抓、乡镇配合的机制，农机、农艺和质量监督部门2005年联合出台《水稻全程机械化生产技术标准》，统一了标准化操作技术规程、工艺流程、栽培要点等技术规范，2008年就实现了技术标准全区覆盖，水稻机插率达到95％。
“机艺融合不单单是农机或农业部门的事情，"辽宁彰武县张弘副局长说，“财政、发改、企业、科研院所、高校、合作社、大户都得参与进来”。江苏如皋市陈仁高局长介绍，该市统一部署，由财政部门保障机械化推广经费(从2008年的300万元增加到2011年的1100万元)，并设立以奖代补专项资金，奖励连片集中育秧10亩(大田移栽1000亩)以上的大户或合作社2万元；市农技推广站、栽培土肥站、植保站负责“种子一秧苗一成稻”的全程农艺管理，农机部门和农机企业负责适用农机具的试验推广。相关各方思想统一、目标明确，形成了齐抓共管、共同推进的良好局面。
研讨中学员还呼吁：农机农艺融合还需关注经营规模、机械化作业条件等情况。如果地块小而散、没有适度规模经营，那么机械化作业的基础就不存在，谈不上农机农艺融合。必须科学布局、统一规划，通过土地流转、代耕等方式因地制宜地加快土地资源整合，为机艺融合创造条件。四川叙永县王敏局长和湖北天门市刘学贵副局长都建议，“生产便道和机耕道的标准应该统一，农田水利建设需要有农机部门参与，希望上级部门有所考虑。”
