脱粒机作业结束后，要及时清除机器内处附着的尘土和其它杂物，将松动的螺丝拧紧，卸下传动带,有输送带与链带也要卸下。传动带上的油污,要用肥皂水清洗干净，晾干后单独挂在墙壁上，以防腐蚀老化。卸下的链带,要用煤油洗净，并在机油内浸一下，单独存放。各部位轴承、黄油嘴孔，用煤油进行清洗后，重新注满黄油。对全机的摩擦表面及各个螺丝，都要涂上机油，以防生锈。
在对脱粒机进行洁机、保养过程中，若发现有损坏的地方，或零配件变形的，当时不能修好还原，一定要在来年使用前修好，才能进行脱粒作业，以免发生安全事故。在保管放置脱粒机时，四腿脚要支垫平稳，并用塑料布遮避好防尘。保管棚室要通风干燥，严防屋面漏水或地面返潮，导致机体腐蚀生锈而缩短使用寿命。
