大多数植物都可用做沼气池原料，但是核桃叶、白果叶、猫儿眼、黄花蒿（苦蒿）、地绵草、臭椿叶、楸树叶、泡桐叶、水杉、梧桐叶、苦楝叶、断肠草、辣蓼子、烟梗等植物，有抑制或杀死沼气池中发酵细菌的作用，要严禁入池。同样，沼气池内更不能用农药、柴油等灭蛆，否则会造成池内长期不产气。
另外，豆饼、花生饼、棉籽饼等在空气不足的条件下会产生磷化氢，这是一种有毒的气体，不仅对甲烷细菌不利，而且人、畜接触后容易发生中毒，更要严禁入池。
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