我国现阶段农村土地整理是提高农业竞争能力、增加农民收入、促进农业和农村发展的一项重要措施，多年的实践已经证明，通过对农田特别是基本农田整理，加强农田基础设施建设，可以有效改善农业生产条件，提高农田生产能力，降低农业生产成本；可以有效改善传统的农用地利用格局，扩大经营规模，促进农业增效和农民增收。当前和今后一个时期内，搞好土地整理要以“三个代表”重要思想为指导，以科学发展观为统领，围绕国家经济社会发展的大局，立足保障国家粮食综合生产能力，大力开展基本农田整理。
基本农田是耕地的精华，基本农田保护在保障国家粮食安全、促进节约集约用地、推动农业增效农民增收、维护农村自然生态方面发挥着最核心、最积极、最有力的作用。国务院提出的基本农田保护“总量不减少，用途不改变，质量不降低”的总要求，就是为了维护国家粮食安全，确保到2010年我国粮食生产能力恢复到5亿吨以上，到2030年要达到6亿吨左右。作为粮食生产的物质基础，基本农田必须保持在较高水平上。但目前我国基本农田已不到16亿亩，许多地方基本农田还存在基础设施老化、不配套的问题，基本农田抗灾能力低；高产稳产的标准粮田比例偏少，高产田仅占28％，中产田占40％，低产田占32％。基本农田保护的形势不容乐观。要变被动保护为主动建设的全新的工作思路，要设立基本农田保护示范区，基本农田整理将是加强基本农田基础设施建设、提高基本农田质量、改善基本农田生产条件的主要手段。
要重视土地整理全面协调发展。土地整理是以提高土地资源对可持续发展保障能力为根本目标，这种保障能力既体现在补充耕地数量上，也体现在提高耕地质量和改善生态环境上，以及促进经济结构调整等诸多方面。因此，推进土地整理必须重视全面、协调发展。一是要正确处理数量与质量的关系。保证一定的数量，稳步提高耕地质量是有效保护耕地生产能力的两项基本要求。要扭转耕地占补平衡中只重数量平衡、忽视质量平衡、占优补劣的倾向。要进一步完善土地整理的质量标准，把补充耕地的质量作为耕地占补平衡考核内容，进行严格考核。二是要把改善生态环境放在突出位置。各地在编制规划、制定政策、确定项目等过程中，都要把是否有利于改善生态环境、有利于土地资源可持续利用作为土地整理的重要标准。要进一步严格控制宜农土地后备资源的开发，坚决杜绝毁林开荒、乱垦草场、围湖造田和破坏湿地等现象。三是要与经济结构调整相结合。要根据区域经济结构调整方向和土地资源适宜性，因地制宜确定整理后土地的用途。整理出的农用地在利用结构、布局和质量上要能够适应优化农业区域布局、发展现代农业、提高农产品竞争力和增加农民收入的要求，使土地整理成为推动农业结构调整的重要手段。
