“十一五”规划纲要要求“开展农村土地整理，调整农村居民点布局，控制农村居民点占地，推进废弃土地复垦。”根据中央关于土地整理的有关精神，国土资源部对新时期土地整理工作提出了新要求：一是必须紧紧围绕耕地保护新目标开展土地整理。这个新目标，就是“十一五”期间，我国耕地保有量保持1.2亿公顷的约束性指标；二是必须紧紧围绕新农村建设开展土地整理；三是必须紧紧围绕重点地区开展土地整理，就是土地整理要向粮食主产区倾斜，向基本农田保护区倾斜，向土地开发整理重大工程倾斜。
新时期土地整理要实现“五个结合”：一是与农业现代化相结合，消除土地利用不合理因素，为农业机械化创造条件；二是与农村水电、道路等生产条件改善相结合，将小型农田水利建设作为重要内容，增强耕地排灌和防灾减灾能力，增加基本农田的有效灌溉面积；三是与特色农业、现代农业相结合，因地制宜进行工程规划和设计；四是与提高耕地质量相结合，充分利用建设占用耕地剥离的耕作层土壤；五是与迁村并点、生态保护等生活条件改善相结合。
新形势下土地整理的任务更加繁重，责任更加重大，前景更加广阔。
一是大力开展基本农田整理。全面落实国务院提出的基本农田保护“总量不减少，用途不改变，质量不降低”的要求，“以建设促保护”，将基本农田整理作为土地整理的重点。基本农田整理将是加强基本农田基础设施建设、提高基本农田质量、改善基本农田生产条件的主要手段。通过整理，粮食生产能力能够提高10%以上。
二是加快推进土地复垦。应尽快完善土地复垦管理工作的有关政策，加快推进土地复垦工作。复垦后的土地应优先用于种植、林果、畜牧、渔业等农业生产；不适宜农业生产的，集体土地经过国家征收，可以作为旅游、工业等建设用地。
三是稳步开展农村宅基地整理。我国农村居民点用地利用率低，粗放利用十分严重，这种土地利用状况难以适应全面建设小康社会的需要。通过合理规划，对现有农村居民点逐步实施迁村并点、治理“空心村”、退宅还田等整理措施，全国可以增加有效耕地约286万公顷。开展农村宅基地整理是实现农村土地节约集约利用、改善农村人居环境、减少建设占用耕地、实现耕地保护目标的根本出路。
四是适度开发宜农未利用地。全国共确定了6个土地开发重点区域，涉及115个县市区，土地开发补充耕地的总潜力约233.33万公顷(3500万亩)。土地开发重点区域包括：东部沿海滩涂区，河套银川平原区，滇中地区，甘肃疏勒河流域和沿黄灌区，新疆伊犁河谷地―南北疆山麓绿洲区，川西南地区。土地开发要做好调查评价、论证，充分考虑水资源条件和灌溉条件，在确保不破坏并有利于改善生态环境的前提下进行，禁止毁林开荒、陡坡开垦、乱垦草场和破坏天然湿地。
五是积极实施土地开发整理重大工程。《全国土地开发整理规划》提出，在规划期内依托土地开发整理重点区域，重点组织实施七项重大工程，包括粮食主产区基本农田整理工程、重点煤炭基地土地复垦工程、三峡库区移民安置土地开发整理工程、西部生态建设地区农田整治工程、新疆伊犁河谷地土地开发工程、“五纵七横”公路沿线土地复垦整理工程、“南水北调”水利工程沿线土地整理工程。目前作为国家投资土地开发整理重大工程项目进行管理的三峡库区“移土培肥工程”已经全面启动。通过实施重大工程，补充耕地不少于97.33万公顷(1460万亩)，占规划总目标的36%。
