在财政部的支持下，农业部按照“试点启动、区域性调查、全面开展”的步骤，于2002年启动了全国耕地地力调查与质量评价项目,2003－2004年，该项工作由试点转向区域性调查,并在环太湖流域、珠江三角洲农产品出口基地、华北高效农业区及东北黑土区开展了耕地地力调查与质量评价工作。截至2005年，通过前期准备和试点，全国共完成了14个省88个县的耕地地力调查工作，编制完成了《耕地地力调查与质量评价技术规程》，研究开发了县域耕地资源管理信息系统，取得了试点与区域性调查阶段性成果。
据统计，共完成耕地地力调查面积7534万亩，采集25280农户信息，分析化验60多万项次，特别是调查成果应用与推广，为指导当地农业生产、保障粮食安全、促进农民增收发挥了重要作用，为全面开展耕地地力评价工作奠定了坚实基础。2006年至今，耕地地力评价工作与测土配方施肥项目结合，已有1200个项目县开展了耕地地力评价工作，近100个县基本完成。
通过开展耕地地力评价工作，基本摸清了项目区耕地基础地力状况、耕地土壤肥力状况、土壤养分状况等。据项目区耕地地力评价结果，我国耕地综合生产能力总体水平不高，还存在一些不可忽视的问题。
一是重用轻养，有机肥用量偏低，据调查项目区粮田平均有机肥用量不足1000千克。
二是耕层变浅，保水保肥能力下降，项目区耕层厚度平均为12-15厘米。
三是黑土区水土流失严重。通过调查测算，土壤侵蚀正以每年0.3-1.0厘米的速度流失，土壤有机质比第二次土壤普查时下降了15.59g/kg,下降幅度达25.4%。
四是部分地区酸化问题相当严重，如云南大理市蔬菜地土壤pH平均值为4.8，比第二次土壤普查时降低了27%。
五是土壤养分不平衡。耕层土壤有效磷增加幅度较大，平均由第二次土壤普查的6mg/kg，上升到24mg/kg，部分高产田和蔬菜地磷素存在富积现象，大部分地区土壤钾含量呈下降趋势，平均下降了22mg/kg，下降幅度达20%。项目区菜地氮肥、磷肥用量普遍偏高，钾肥不足，化肥的过量使用与不合理的比例，导致化肥资源浪费、化肥利用率低，土壤出现盐渍化和结构变劣等问题。
