每年冬春季节，农民手中都会有一定的化肥储备。不同种类的化肥都有各自的特性，有的呈酸性或碱性，有的具腐蚀性或毒性，有的易吸湿结块，有的易挥发散失，还有的易燃易爆。如果忽视化肥性质，采取不当的贮存方法，不仅会使肥料变质、失效，还易发生意外事故。因此，必须进行科学管理，妥善保管化肥。
首先，存放化肥的库房必须保持通风干燥。化肥一般都易溶于水，例如，硝酸铵、碳酸氢铵等化肥极易吸湿挥发；氯化铵、尿素等化肥吸潮后会结成硬块;石灰氮受潮后体积膨大，会放出毒气。所以，贮藏时，要避免化肥堆放在室外。同时，确保包装袋无破损，并用木板垫在包装袋下，防治靠墙或贴地，与地面距离保持在0.3米左右。
其次，化肥存放的地方要保持低温避光。有些化肥怕热、怕光，因此要严格控制温度和光照。例如，氮肥见光、遇热后，氮素会变成氨气跑掉，从而降低其效力。石灰氮在高温环境中还会引起火灾或爆炸，所以必须注意安全。
再次，化肥不能与粮食、种子、饲料、汽油等其它东西存放在一起。如果将它们放在同一间仓库，则易发生化学反应，引起变味、变质或食物中毒。特别是硝酸铵这种易燃易爆的化肥，千万不能与汽油、酒精或硫磺等物品混放在一起，以免发生事故。
最后，不同种类的化肥不能任意堆放在一起。硫酸铵、氯化铵和氨水等铵态氮肥，遇到草木灰、石灰等碱性肥料时，容易挥发氮素；硝酸铵、硝酸钠等硝态氮肥与过磷酸钙混放，会使硝态氮逐渐分解成气体跑掉。所以，在库房中，化肥要单存单放，并贴上标签，注明其名称和化学成份。
