玉米黑穗病是苗期侵染的系统性病害，一般到穗期才出现典型症状。其防治方法大致如下：
1.选择抗病品种，并采用能防止丝黑穗病的种衣剂包衣。
2.合理轮作倒茬，履行3年以上的轮作是减轻玉米黑穗病的有效途径。特别是玉米黑穗病严重的地方，要多种一些薯类、豆类等作物，尽量避免连续多年重茬种植。实在倒不过茬的，也要轮换种植抗病品种。
3.做好药剂拌种，播种前，应选用“戊唑醇”、“恶霉灵”等药剂拌种，杀灭种子带菌。
4.适期播种，播前选种、晒种、足墒浅播，以加快发芽出苗，减少病菌入侵机会。
5.施用腐熟厩肥，含有病残体的厩肥或堆肥，必须充分腐熟后才施用，最好不在玉米地施用，以防止病菌随粪肥传入田内。
6.及时拨除病株，将田间已发生病株要及时拨除，并带出田间管理，不可随意丢弃，对上年玉米残体进行焚烧消灭菌源，减轻发病。
现在由于气温、降水等自然条件的不断变化，导致农作物生长过程中经常发生多种病害，所以平时可选用农药杀菌剂提前预防，后期如果发病一定要及时选用农药产品及时控制。
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