大豆生长后期重点监测历年发病较重、施肥量高、低洼、重迎茬等地块。同时，积极采取农艺和化学相结合的综合防治措施，进行防治。
查田时，如发现大豆菌核病病株要及时拔除，带出田外深埋处理。对发病田及时进行中耕培土，可促进生根，同时将菌核埋入土壤深层，减轻病情。在及时进行田间巡查基础上，要做到在发病早期喷药防治。在发病面积较大时，不但要及时拔除病株，还要对病株周围喷药保护。需要全田喷药保护时，应采用机动式弥雾机，喷口向下作业，确保中下部植株叶片着药或使用自走式高杆喷雾机喷洒杀菌剂。根据各地防效调查，目前对菌核病防效较好的药有50%腐霉利、40%菌核净、25%咪鲜胺、50%异菌脲,每公顷用量1.5公斤，对水喷雾，隔7天用药一次。
防治大豆羞萎病，可采用测土配方施肥技术，适当增施磷钾肥，加强田间管理，培育壮苗，增强植株抗病力，有利于减轻病害。及时防治害虫，减少植株伤口，减少病菌传播途径。发病时及时清除病叶、病株，并带出田外烧毁。农药防治时要及时喷施除虫灭菌药，杀灭蚜虫、豆荚螟及地下害虫，断绝虫害传毒、传菌途径。应掌握在发病初期喷施，25%咪酰胺水乳剂250毫升+43%好力克50毫升/公顷；或12%苯溴铜水剂2000倍液；或36%甲基硫菌灵悬浮剂600倍液；或50%多菌灵可湿性粉剂600~700倍液。
