对苗床土壤进行灭菌处理，应根据当地棉花病害发生情况和防治重点合理选用杀菌剂。棉花播种前对苗床土壤进行严格消毒灭菌，只有这样才能有效地防止病害的发生流行。
一般来说，用杀菌剂处理棉花苗床土壤，主要目的是防治棉花的猝倒病、立枯病、炭疽病、枯萎病和黄萎病等病害。常用于棉花苗床土壤处理的杀菌剂有多菌灵、敌磺钠（敌克松）、恶菌灵等。络氨铜、五氯硝基苯、菌毒清、甲基硫菌灵、恶霉灵、福美双、咯菌腈、强氯精、福·福锌（含福美双、福美锌）、福·拌（含福美双、拌种灵）等药剂，可以用来拌种处理和棉花苗期喷淋，也能收到较好的土壤消毒效果。下面重点介绍以下几种：
棉隆棉隆为广谱性杀线虫剂，对土壤中的真菌、地下害虫及杂草也具兼治作用。该农药易在土壤中扩散，对线虫防效好，且持效期长，可与肥料混用，主要表现为熏蒸性。使用时土壤温度应保持在6℃以上（12~18℃最为适合），含水量保持在40%以上。该药对所有绿色植物均有药害，土壤处理时不能接触农作物。
净土灵（0.5%氨基寡糖素水剂）该药是从微生物代谢产物中提取的一种杀菌剂，对一些病菌的生长具有抑制作用，如影响真菌孢子萌发，使菌丝形态发生变异，菌丝的孢内生化反应发生变化等。用于苗床土壤的消毒处理及苗后的淋喷，可有效地防治棉花的黄萎病等多种病害。该药还能诱导植物产生具有抗菌作用的物质，并能刺激棉苗等农作物的生长。
乙蒜素又名抗菌剂402，是一种广谱性杀菌剂。用于棉花拌种或者喷淋灌根消毒灭菌，对棉花立枯病、黄萎病、枯萎病等有较好的防治效果。乙蒜素对作物生长具有刺激作用，经它处理过的种子出苗快，棉苗生长健壮。
菌立停该药是从海带中提炼出来的精碘加助剂。据新农资360了解，它杀菌谱广，无论是真菌、细菌还是病毒所引起的各种病害都具有良好的效果，长期使用无抗药性，可防治棉花的枯萎病、黄萎病、立枯病、炭疽病。该药杀菌机理独特，杀菌的速度只需几秒钟，因它是一种带负电荷的杀菌剂，其本身具有渗透性强的特点，而病菌一般都是带正电荷的，一般杀真菌只需7秒，细菌3~4秒，病毒10秒就能杀灭。用于防治棉苗病害，可用稀释液1000~1500倍液向苗床土壤灌根，灭菌效果好。
铜高尚（27.12%碱式硫酸铜悬浮剂）其杀菌作用与波尔多液基本相同，以分离出的铜离子产生杀菌作用，杀菌谱广，病菌不易产生抗药性。对棉花的立枯病、炭疽病、猝倒病、枯萎病和黄萎病等均有良好的防治效果。铜高尚为新剂型，药物颗粒细，在水中的分散性好，喷药后在棉苗上着药均匀，克服了波尔多液在高温高湿条件下使用时易对棉苗产生药害的弊端，值得在棉花苗床上推广使用。可以在播后苗前或出苗后淋喷一次，到移栽前再用铜高尚淋喷棉钵带药移栽，同时对移栽穴及周围土壤淋喷一次药，防止病菌由断根处侵入。
稻脚青主要用于防治棉苗的炭疽病和立枯病。主要抓好营养钵土和盖籽土的消毒灭菌。农药网建议，一般用20%稻脚青可湿性粉剂配制成0.3%~0.4%的药液，将营养土钵浇湿，并用同样浓度的药液对盖籽土喷雾灭菌。
