苹果矮化砧的广泛应用，减少了树体管理程序，但如果应用欠妥，易形成小老树和徒长树，影响果品产量和质量。
生产中，部分果农在幼树期将矮化砧长度的2/3或全部露出地面，没有培土促根，反而急于求成，多留花果，在初果期就使苹果树发展为小老树。对此，为了发挥矮化砧自能生根的潜力，尽早扩冠成形，栽树时应将矮化砧长度的2/5露出地面，并用湿土将矮化砧全部覆盖。小老树的矮化砧露地部分全部用土埋住。主枝上少留果或不留果（辅养枝适当留果）；休眠期修剪在冬初进行，冬季果树不易发生抽条地区越早越好，因为树体养分以愈合伤口为第一要务，若修剪过晚，开春树体既要展叶发芽，又要愈合锯口、剪口等伤口，势必要抑制枝条的生长，不利于扩冠。
矮化砧具有发达的韧皮部，有利于其上枝、干对光合产物的积累，便于花芽分化，而减少了光合产物向根系输送（在矮化砧没埋入或少部分埋入地下时）。有的果农将矮化砧全部埋入地下，几年后达到了扩冠成形的目的，接下来又没有对矮化砧发生的根系采取措施（应该创土抑根，断根时要离主干50厘米左右，不要贴住主干，否则易造成树基不稳），导致矮化树发展为旺长树，甚至徒长树。采取的措施与救助小老树相反，显现矮化砧的抑制作用。
总之，苹果树矮化砧有双向调节作用，需要根据苹果树的生物学特性和栽培情况区别对待。
