无土栽培蔬菜虽然具有高产、优质，不受季节影响，占地少，可有效利用水、肥，病虫害易控制等优点，但由于使用营养液或营养土，根腐病发生较为普遍。蔬菜根腐病与小麦根腐病防治方法相似。
防治蔬菜根腐病应注意：
完善设施栽培床以封闭式为宜且高于地面，贮液地要加盖，以防环境中病菌侵入。基质墙的排液沟应适当加深，并保持排液畅通，防止病菌随废液回流至栽培床中，造成重复侵染。
种子消毒用于无土栽培的种子必须具有发芽率高、生长快、出苗整齐等优点。播种前要用杀菌剂进行种子消毒，可采用温汤浸种或干热灭菌等方法，也可用0.2%的中性次氯酸钙浸种1小时。无土栽培最好使用无土培育的菜苗。
营养液消毒每月在营养液中施用一次依得利，用量为每升营养液20毫克，或1000升营养液中加入1克锌锰达乐。
