农药在使用配置、清洗过程中都会引起地表水的污染，农药对地表水的点源污染或扩散如果不能等到合理的控制和管理的话，对人类饮水可能就会造成影响。
针对农药污水处理问题；日前，江苏丹阳市启动亚太区第一套拜耳农药污水处理系统Phytobac，开始了处理日常农业生产等过程中产生的农药污水。此农药污水处理系统能有效解决农药污水处理难题，是目前为止公认的不产生任何特殊工业废物的处理系统。
农药污水处理系统Phytoba的原理是：通过具有降解活性的土壤微生物将农药降解，保证污染物不被释放到环境中去。
该系统在全球众多国家被证实是解决农药使用造成的地表水点源污染的最有效方法之一，广泛适用于植物保护、园艺园林、托儿所、高尔夫球场及运动场等。
