为解决化肥恢复征收增值税以前库存化肥的增值税问题，8月28日，财政部、国家税务总局联合下发《关于对化肥恢复征收增值税政策的补充通知》。
库存化肥执行增值税新政获10个月缓冲期
为解决化肥恢复征收增值税以前库存化肥的增值税问题，8月28日，财政部、国家税务总局联合下发《关于对化肥恢复征收增值税政策的补充通知》。《通知》规定，自今年9月1日起至2016年6月30日，对增值税一般纳税人销售的库存化肥，允许选择按照简易计税方法依照3%征收率征收增值税。
也就是说，2015年8月31日前生产厂家生产的化肥或经销商购进的尚未销售的库存化肥，到明年7月1日以后销售的才征收13%增值税，在此之前销售的仍可按简易计税方法依照3%税率征收增值税。存放在港口用于出口的库存化肥，也参照此规定执行。总体而言，管理部门给予了库存化肥10个月的增值税新政消化期。
此前的8月10日，财政部、海关总署和国家税务总局下发《关于对化肥恢复征收增值税政策的通知》，规定自2015年9月1日起，对纳税人销售和进口的化肥，统一按13%税率征收增值税，钾肥原有的先征后返政策相应停止执行。文件出台后，化肥企业普遍对恢复征收增值税表示接受和认可，但同时也希望有关部门出台具体实施细则，特别是9月1日前的化肥存货如何处理应给予明确。
接到业内企业反映后，中国石油和化学工业联合会、中国磷复肥工业协会、中国氮肥工业协会、中国无机盐工业协会钾盐(肥)行业分会、中国农业生产资料流通协会联合向财政部、国家发改委、税务总局等相关部门提交了《关于化肥恢复征收增值税前对企业库存予以认定的申请报告》，恳请相关部门对9月1日前采购的原料化肥及未销售的产成品予以认定，并给予一年的消化期，按3%税率缴纳。此后不久，财政部、税务总局基本采纳了这一建议，并于8月28日下发《补充通知》。
对此，化肥生产厂家及经销商普遍表示欢迎，认为这可以让化肥生产厂家及经销商不用急着赶在9月1日前清空库存以避税，可以有较多的时间消化原有库存，有利于化肥市场的平稳运行。一方面现在是市场淡季，没有太大的需求量;另一方面，一旦厂家和商家一窝蜂集中出货，也容易造成市场非正常波动。现在管理部门给了10个月的缓冲期和过渡期，企业消化原有库存就要从容得多。
另外，2008年财政部、国家税务总局下发的《关于农民专业合作社有关税收政策的通知》规定，对农民专业合作社向本社成员销售的农膜、种子、种苗、化肥、农药、农机，免征增值税。为保证化肥征收增值税政策的一致性，这次《补充通知》指出，上述《通知》中第三条关于化肥的规定自2015年9月1日起停止执行。也就是说，今后即使是农民专业合作社向本社成员销售化肥，也同样要征收增值税。
