生物有机肥料的特殊作用是依靠具有特殊功能微生物菌种的“特殊功能”来实现的，而这种特殊功能主要表现在以下几个方面：促进植物生长、提高植物防病抗病能力、提高肥料利用率、提高植物抗旱、修复土壤、降解农药等。
一、促进植物生长作用主要是通过功能菌在植物根部定植、生活并发挥作用。这种作用是通过功能菌产生促进植物生长的物质体现的，有别于在生物有机肥料中添加激素的作用。
二、提高植物防病抗病能力，也就是生物防治作用。这类菌种作用于病原菌的方式主要有三种：1.拮抗作用。产生拮抗物质直接抑制病原菌生长。2.竞争作用。从营养吸收利用等方面抑制病原菌生长，一般情况下这种菌种生长速度很快。3.寄生作用。以病原菌为寄生，直接寄生在病原菌身上导致病原死亡。这三种抗病防病作用方式常常是交叉的。
三、提高肥料利用率在目前生物有机肥市场中被宣传得较多，主要有固氮、解钾、活磷等作用。固氮作用主要有三类：1.共生固氮。以根瘤菌为主，菌种寄主有专一性，固氮能力很强，主要在豆科植物上共生固氮。但是由于这一类菌种均为革兰氏阴性细菌，不利于保存，作为产品进行货架销售比较困难，所以一般是拿到菌种即拌种使用。2.自生固氮作用。菌种在田间表现为不固氮或固氮能力很小。3.联合固氮。菌种相对专一，能力较强。
四、保水抗旱、土壤修复、降解农药等功能。对这类生物有机肥功能的宣传比较少，主要因为经销商和农民对这方面功能的关注度比较低，生产商通过宣传这类功能来吸引消费者的可能性较小，所以市场上不多见。
通过以上分析可以看出，生物有机肥的特殊功能主要集中在三方面：促进植物生长、提高植物防病抗病能力、提高肥料利用率。
