土壤中的微生物在植物生长过程中起着十分重要的作 用，可以说植物的生长与健康需要微生物为其共生伙伴。其作用主要表现在：合成土壤腐殖质，增加土壤有机物质，促进营养物质转化，改善土壤物理结构，促进自 然界的物质循环具有重要作用等。概括来说就是有机营养，抑制病害，造肥解毒。
微生物在农业中主要应用领域为：
微生物肥料：含有特定微生物活体的制品，可增加植物 养分的供应量或促进植物生长，提高产量，改善农产品品质及农业生态环境。即：提供营养物质，分泌促生物质（生长素、细胞分裂素）。目前常用的有：①固氮微 生物肥料：根瘤菌肥、联合固氮菌肥、蓝细菌菌肥（大豆、花生、玉米、小麦等)；②能分解土壤中的有机质，释放出其中的营养物质供植物吸收的微生物制品；③ 难溶矿物可溶化肥料：硅酸盐细菌肥料和磷细菌肥料；④菌根菌肥料；⑤复合微生物肥料。
农用微生物菌剂（微生物肥料）的作用：①改良土壤养 分供应状况。微生物肥料主要通过各种菌剂促进土壤中难溶性养分的溶解和释放。同时，由于菌剂的代谢过程释放出大量的无机、有机酸性物质，促进土壤中微量元 素硅、铝、铁、镁等的释放及螯合，有效打破土壤板结，促进团粒结构的形成，改善土壤的通气状况，还对土壤中有机物的分解起着明显的作用，并促进了物质的转 化。②促进作物生长。微生物肥料中许多微生物菌种在生长繁殖过程中会产生对植物有益的代谢产物，这些物质与植物根系接触后，能够刺激和调节作物生长。③增 强作物抗病抗逆能力。微生物肥料中部分菌种具有分泌抗菌素和多种活性酶的功能，抑制或杀死致病真菌和细菌；同时微生物菌剂可有效抑制某些种类线虫病的发 生；还具有明显的抗旱、耐寒、抗倒伏、抗盐碱的效果，增强作物的抗病性。能有效预防作物生理病害的发生。
微生物农药：微生物农药是利用微生物及其基因产生或表达的各种生物活性成分，制备出用于防治植物病虫害、环卫昆虫、杂草、鼠害，以及调节植物生长的制剂的总称。目前常用于：微生物杀虫剂、微生物杀菌剂、微生物除草剂、微生物植物生长调节剂。
环境治理：生物修复主要是通过生物的代谢活动将污染物分解成无毒或低毒小分子化合物的过程，被公认为是一种有效、安全、廉价和无二次污染的方法。主要对象：石油、废水及农药污染。
