子莲需肥量大，生育期长，一般从4月初发苗，到11月才枯荷，应分批多次施肥才能满足其高产需要。如果在生长过程中施肥量不足，或为节省劳动力，采用一次或少量几次施肥，或偏施氮肥等，必然导致低产。
基肥 基肥以充分腐熟的有机肥为主，在春季栽植前结合土地的耕翻施入，也可在冬前耕翻土壤时施入，一般每亩施绿色或猪牛粪2500～3000千克加生石灰40～60千克，并可施入钙镁磷肥40～50千克（A级绿色食品子莲生产时，或施以过磷酸钙），硫酸钾10～15千克。或饼肥150～200千克加过磷酸钙50～60千克。
追肥 在施足基肥的基础上，追肥应掌握“少吃多餐，配方施肥”和“轻施苗肥，适施初花肥，重施花蓬肥，巧施后劲肥，增施磷钾肥，补施锌硼肥”的原则。
苗肥:要早熟，当植株长出1～2片立叶时，就可进行追肥，但追肥量要少，每亩可施腐熟的人畜粪肥400～500先。进行A级绿色食品子莲生产时，或每亩施尿素4～5千克、过磷酸钙7.5千克、硫酸钾2.5千克。施肥时要放浅水，人畜粪肥可撒施，无机（矿质）肥料可与3～4倍细土拌匀后撒施或点施于植株的周围。
始花肥：5月下旬，当田间出现少数花蕾时，即可开始追肥，这次追肥量可比第一次的追肥量增加40％～50％，每亩施腐熟人畜粪肥700～1000千克。进行A级绿色食品子莲生产时，或每亩施尿素7～10千克、过磷酸钙12～15千克，并施硫酸钾5～6千克，加适量硼、镁、锌等微量元素肥料拌匀施用。
花果肥：6月上中旬至7月中下旬是莲子旺盛期，养分消耗大，该时期追肥量要重，一般从6月上旬开始每隔15天追肥一次，每次每亩施人畜粪肥800～900千克，或尿素7～8千克、复合肥15千克、氯化钾3～4千克，并加适量微量元素拌匀撒施（或与15～20千克粉碎的饼肥混合均匀），于露水干后在莲叶下撒施，促进莲子发育。
后劲肥：为防止子莲后期脱肥早衰，增加子莲后期产量，在8月上中旬补施一次速效氮肥，每亩用尿素5～6千克、硫酸钾2～3千克。进行AA级绿色食品子莲生产时，每亩可施腐熟人畜粪肥500千克左右。如果荷叶生长较为旺盛，也可少施或不施这次肥，反之则应适当多施一些。
根外肥：施好根外肥，可以弥补根系吸收养料的不足，如用0.3％～0.5％的磷酸二氢钾进行叶面喷施，也可将锌肥、硼肥等微量元素肥作为叶面肥配液进行施用。要尽量将含肥溶液喷施在幼嫩的茎叶上，并且叶子的正、反面都要喷施，一般在无风的傍晚进行喷施。
注意事项 钙可明显提高子莲成花率和结实率，特别是冷浸田，施用生石灰莲田比不施的显着增产。另外，每亩莲田补施锌、硼肥各1.5千克，也有明显的促花保籽作用。在追肥时期上应注意，采收藕带的可提早施肥，不采收藕带的应推迟施肥。气温没有稳定通过20℃不利于花芽分化，过早施肥常造成无花立叶多，当气温稳定在20～25℃时，花芽大量分化，这时施肥有利于促花成花，因此，生产上一般把大量（60％）的肥料推迟到7月中旬以后施用，有利于高产。
在5月下旬至6月份，若莲叶过分密集，肥大，色浓绿，而花苞少，则应停止追肥，或不用速效肥而改用有机肥，以使之稳健地生长。
