在有机种植，允许使用有机肥料种类有：按有机农业生产标准要求，经高温发酵无害化处理后的农家肥，如堆肥、厩肥、沼肥、作物秸秆、泥肥、饼肥等。
当前，很多农户在农业生产过程中，农作物不施农家肥，全靠化肥来当家。其实化肥用量过多不仅对土壤、水源有污染，对生态环境有破坏，而且对农作物也有较大的危害。
一是过量施有机肥会造成农作物吸收营养元素时离子之间增强拮抗作用，即某种养分离子高浓度的存在能够抑制另一种或多种养分离子的活性，从而影响农作物对另一种营养离子的吸收。如在酸性土壤里氮肥的施入量过多，作物吸收钙离子就很困难。如果过量地施用钙肥会诱发农作物的锌、硼、铁、镁、锰等微量元素缺乏。钾肥用量过多也会影响农作物对钙离子、镁离子的吸收。
二是过量施肥易引起农作物中毒，因施入大量肥料，增加了土壤溶液的浓度，使农作物根系吸收水分困难，造成地上部萎蔫，植株枯死。
三是影响农产品的品质，农作物生长中、后期，如果大量施入化肥，会使农产品器官含糖量降低，不耐贮藏，从而影响商品价值，降低农作物的经济效益。
