一是感病严重的棉籽。枯萎病、黄萎病是制约棉花产量的顽症，棉籽又是病菌的载体。因此，枯萎病、黄萎病严重地区的棉种，最好不要自留种。
二是伏前桃和晚秋桃棉籽。伏前桃和晚秋桃生长发育不良，成熟度差，铃重轻，种子发芽率低，长势脆弱，不宜留做种用。
三是剥桃花的棉籽。有些棉农对发育较为充分的伏桃，仍然有抢墒剥花的陋习。凡剥桃花的棉籽，由于没有充分成熟，更没有完成后熟作用，绝对不能留做种用。
四是喷施了乙烯利的棉籽。喷施乙烯利可促使棉花早熟3-4天，但对棉籽损伤较大，致使其发育不全，不能做种。
五是退化严重的品种。棉花是异交作物，多年不更换的棉种纯度只有70%-80%，品质退化严重，不宜留种。
六是与农药、化肥一起存放的棉籽。有些农户将棉籽与农药、化肥长期同室存放，由于农药、化肥散发的有毒气体可损伤棉籽正常的生理，造成发芽率锐减，所以一不宜留种。
七是储存年代过久的棉籽。在无低温冷藏设备的情况下，棉种的寿命与储存年代呈负面增长。
八是水泥晒场上晒过的棉籽。在水泥晒场上晒含水量较高的棉籽，由于呼吸强度旺盛，造成棉种生理机能失调，部分棉籽形成哑籽，失去发芽能力。
九是机械损伤过重的棉籽。精加工的包衣棉种中，机械损伤率应控制在2%以内。破籽率超过2%以上的棉籽，受药物浸染过重，对发芽率影响很大，破籽率过高就不宜做种用。
