辣椒生长期长，但根系不发达，根量少，入土浅，不耐旱也不耐涝，耐肥能力强。
根据辣椒需肥规律和土壤肥力的高低，温室辣椒施肥诀窍在于重施基肥巧施追肥，具体施肥应把握以下原则：
一、重施有机肥
多施一些腐熟好的有机肥(如鸡粪)。老龄大棚，可增施一些酵素菌肥类生物有机肥。土传病害(特别是死棵病)严重的大棚，应增施一些芽孢杆菌类生物有机肥。
二、合理选用化肥
化肥作底肥用时尽量选用单质肥料，如尿素、过磷酸钙、硫酸钾。追施复合肥时尽量选用含硝态氮复合肥。在育苗、移栽、定植期施用真根，生根快、毛根多，可缩短辣椒缓苗时间增加幼苗对不良环境的抵抗能力。辣椒连续坐果能力，落花少，产量高，提升品质。
三、合理分配基肥、追肥的比例
一般情况下，有机肥、微肥、80%的磷肥、50%的钾肥和30%的氮肥混匀后做基肥，其余70%的氮肥、20%的磷肥和50%的钾肥分别做追肥使用。对于部分微量元素如硼砂可叶面喷施。
