1、防潮湿结块
化肥因吸湿而引起的潮湿或结块，是贮存中比较普遍的问题，空气湿度愈严重。应把肥料放在干燥、阴凉的仓库里，堆垛离墙要有30-50厘米的距离，仓库的温度在30℃以下，相对湿度以40-70%为宜。
2、防养分挥发
对于稳定性较差的化肥，如碳酸氢铵必须包装严实，保持干燥，防止阳光直射。使用时应随开随用，用完一袋再拆一袋，用剩的肥料要扎紧袋口。对氯化铵、硫酸铵、硝酸铵、碳酸氢铵等铵态氮肥，要注意不与碱性肥料同库混存，以减少氮素损失。
3、防腐蚀损害
化肥一般都具有腐蚀性，特别是过磷酸钙、氯化铵等酸性肥料，在贮存过程中极易产生挥发酸，不要把农机具如喷雾器、犁、铁桶等与化肥长期放在一起，以防腐蚀损坏。
4、防中毒发生
不能把碳酸氢铵、尿素、硝酸铵、过磷酸钙等化肥与种子放在一起贮存，否则会影响种子发芽率，严重时会使种子失去发芽能力。除此以外，不能将食物、农药、饲料、菌种和化肥混存，以免发生中毒事故。
5、防火防爆炸
硝酸盐类化肥在贮存时要特别注意严禁烟火，切勿和易燃物品堆放一起。一旦着火，不能使用各种化学灭火剂，应先用砂土压盖再用水扑灭。
储存化肥要注意 化肥是农民家中常备的农用物资之一，因此储存化肥要注意：
防返潮变质 碳酸氢铵易吸湿，造成氮挥发损失；硝酸铵吸湿性很强，易结块、潮解；石灰氮和过磷酸钙吸湿后易结块，影响施用效果。因此，这些化肥应存放在干燥、阴凉处，尤其碳酸氢铵储存时包装要密封牢固，避免与空气接触。
防火避日晒 氮素化肥经日晒或遇高温后，氮的挥发损失会加快；硝酸铵遇高温会分解氧，遇易燃物会燃烧，已结块的切勿用铁锤重击，以防爆炸。
氮素化肥储存时应避免日晒、严禁烟火，不要与柴油、煤油、柴草等物品堆放在一起。防挥发损失 氨水、碳酸氢铵极易挥发，储存时要密封。
氮素化肥、过磷酸钙严禁与碱性物质（石灰、草木灰等）混合堆放，以防氮素化肥挥发损失和降低磷肥的肥效。
防腐蚀毒害过磷酸钙有腐蚀性，应防止与皮肤、金属器具接触；氨水对铜、铁有强烈腐蚀性，宜储存于陶瓷、塑料、木制容器中。
此外，化肥不能与种子堆放在一起，也不要用化肥袋装种子，以免影响种子发芽。
