菌肥是微生物肥料的俗称，它是一种带活菌体的辅助性肥料。土壤中存在着大量的微生物（包括细菌、真菌、放线菌），一般每克土含有几亿至几十亿个微生物。有些对作物生长发育有益，有些则有害。
人们用科学的方法从土壤中分离、选育有益微生物，经过培养、繁殖、制成菌剂，将这些菌剂应用于农业，使作物增产，称为菌肥，又叫做微生物肥料。目前我国生产和应用的菌肥主要有根瘤菌、固氮菌、磷细菌、钾细菌、EM菌肥料等。
菌肥是通过有益微生物的生命活动，拮抗有害微生物，促进土壤中养分的转化，提高土壤养分的有效性，改善作物营养条件，增加土壤肥力。菌肥还可以用于叶面喷施、沾根等。
