有机肥与化肥的主要区别在于：有机肥养分全面，养分配比天然合理，释放缓慢，一般不会导致养分供应失衡；而化肥养分比较单一，养分释放快，一般生产者难以完全做到科学控制养分的用量、配比和释放速率，很容易因过量施肥或养分供应失衡而造成产品质量下降和环境污染，所以有机食品规定只许施用有机肥，不许施用化肥是有道理的。但有机肥如果选用不当也会带来食品安全和环境污染问题，特别是当有机肥含有污染元素或有害物质及过量施用时。因此只施用有机肥的不一定就是安全食品，更不一定是有机食品。
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