据农地圈了解，全国性的土地流转过程已经过半，土确权过程中的土地纠纷自然不会少。在法院角度来看，土地流转达到法院一级的纠纷逐年增多，并且经过法院调解撤案率低，只有10%左右接受调解撤案。
作为长期历史条件下经历数辈人而形成目前的土地占用现状，一旦国家要明确分清归属，自然少不了纠纷。即使到了法院，也同样面临五大判决困难！
现有法律自相矛盾适用难。
经过农地圈团队研究，当前的涉及土地流转的法律规范缺乏统一的立法指导思想和价值取向，造成法官处理土地流转纠纷时观点混乱，裁判不统一。加之国家的相关法律出台滞后于国家政策，农民根据国家政策作出的土地流转行为一旦发生纠纷诉至法院，导致法院在土地政策和法律制度的把握上难以取舍，左右为难。经常会出现同一类案件，判决结果完全相反的情况。
2.历时久远，事实认定难。
一些案件由于历史久远，举证不足（当时是纸质办公，并没有电子记录等）导致认定事实困难，同时再考虑上土地部门的登记不规范，重复登、漏登等现象存在，使土地权属难以认定。甚至出现了同一地块，两个具备法律效力的证书存在的情况。
一些案件由于土地流转发生在亲属之间，一是很多没有书面合同，而是限于认知偏差合同文字表达不清，导致认定事实困难，难以判断双方的权利义务。
还有一些案件流转的主体不符合法律规定，土地流转操作不规范，导致土地流转成讼后举证难。
3.手心手背都是肉，案件处理难。
任何一个案子判决，都不可能双方都满意，如果有这样的解决方案，根本也不用去法院。
同样，土地流转案件影响面更广，案件背后的利益关系更是复杂，既涉及政府或投资者的利益，又涉及土地所有权人、使用权人的利益，往往是牵一发而动全身，无论怎样判决，都有可能引发群体性纠纷。
4.情法交织，调解协调难。
虽然农地圈经常说，法院就是将法律的地方，不应讲人情。但在法院实际工作过程中，却往往不得不考虑部分人情因素。
一些案件由于社会历史或政策等多方面的原因，农户往往抱团给政府或者法院施压争取利益，不配合调解和服判息诉，动辄上访，仅从法律的角度难以从根本上化解矛盾。
另外一些案件特别是承包地征收补偿费用分配纠纷案件，被告方往往不出庭，抱无所谓态度，给案件的调解和判决增加了难度。
还有一些早些年抛荒的农民现因种田有粮补资金而要求收回土地承包经营权所引起的纠纷中，当地政府不同意这些抛荒农民重新获得土地承包经营权，但是农民失去了土地就一无所有，人民法院在处理二者的期盼与要求时难以协调。
5.判决容易执行难。
土地流转后新的经营人已经进行了投资，不愿意交出土地履行法院判决；很多土地流转收益已经“落袋为安”，村民不愿返还，村集体又没有其他财产可供执行。
因土地流转纠纷当事人双方一般积怨较深，当事人往往因宗族利益、私人恩怨关系，极易发生累诉、缠诉乃至赴省进京上访，甚至群体性的械斗事件，若处理不好，法院、法官都要担责，导致法院执行此类案件举步维艰。
法院是农民维护自己权益的最后一道保障，但是在现有的法律法规、风俗民情的条件下，法院应该站好最后一班岗，切实做到为农民服务。
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