磷矿石出口配额申报条件为：生产企业，按国家规定办理工商注册登记、对外贸易经营者备案登记(或具备有效的进出口经营资格)，外商投资企业经营范围包括相应商品出口业务，具有独立法人资格；2013～2015年间有出口实绩(含出口供货数量)；具有磷矿采矿许可证(综合回收利用中低品位磷矿石的企业，需具有主矿种采矿许可证及相关地质报告或储量报告)、安全生产许可证、矿长证或相应安全资格证书；具有与生产规模相适应的环保治理设施，污染物排放达到国家或地方有关污染物排放标准等。流通企业，按规定办理工商注册登记、对外贸易经营者备案登记(或具备有效的进出口经营资格)，外商投资企业经营范围包括相应商品出口业务，具有独立法人资格；2013～2015年间有出口实绩；自2013年1月1日起，企业从符合规定的生产企业采购磷矿石等。
磷矿石出口配额分配原则：商务部综合考虑合格企业生产经营情况、中低品位磷矿石选用、出口情况及环境监测等因素，将磷矿石出口配额下达至企业所在地省级商务主管部门。省级商务主管部门按照公开、公正的原则，结合本行政区域的资源状况、产业布局和行业发展战略，综合考虑企业的生产经营、环境保护和社会责任等相关因素，制定配额分配方案，并于2016年12月25日前报商务部(对外贸易司)。
符合申报条件的生产和流通企业，向所在省、自治区、直辖市、计划单列市及新疆生产建设兵团商务主管部门提出申请，主管部门2016年11月15日前将申请企业名单和申请材料寄送商务部。
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