据中国化肥网了解，生物肥料产业近十年得到了持续快速的发展，尤其是近几年以每年10%以上的速度发展。
据农业部微生物肥料和食用菌菌种质检中心主任李俊介绍，目前有关生物肥料企业总数有1100个以上，年产量1200万吨，年产总值达200亿元。截至今年5月，农业部登记证产品有2742个，其中正式证1488个，临时证1254个。生物肥料累积应用面积2亿亩以上（包括蔬菜、果树、甘蔗、中草药、烟草、粮食等），已成为生物产业和生物经济的重要组成部分。尤其是微生物肥料标准体系基本建成，核心企业群和产业基本形成，已列入国家“十三五”生物产业发展的重点产品。
全国农业技术推广服务中心技术促进处处长马常宝认为，中国微生物肥料产业起步于20世纪30年代，经历了“产业初创、菌剂制品生产、微生物肥料应用”三大发展阶段。特别是到20世纪80年代后期，产业进入加速发展阶段，工厂化、产业化、商品化水平逐步提高。现有的生物肥料企业数量是10年前的2倍、20年前的8倍；年产量是10年前的2倍、20年前的25倍；推广应用面积则是10年前的2倍。目前产品发展呈现出区域性特点，华北地区生产企业约占全国的42%，仅山东省就占15%左右，西南、西北的9个省区发展缓慢。
中国生物肥料产业具有5个方面的优势：一是产品种类多。中国的微生物肥料使用菌种达150多种，菌剂产品种类多，尤其是在研制开发微生物与有机营养物质、微生物与无机营养物质复合而成的新产品方面，处于领先地位。二是应用面积广。每年应用面积累计2亿亩，几乎在所有作物上都有应用，在提高化肥利用率、降低化肥使用量和减少化肥过量使用导致环境污染方面，已取得了较好的效果，研制开发具有广阔前景。三是生产规模大。目前中国已形成较大生产规模，产能达1200万吨以上。四是生产菌种与产品的针对性较强。生产菌种与作物亲和性、土壤环境适应性方面，营养元素配比与土壤养分供给能力等。五是成本相对较低。相对从国外进口，国内生产的微生物肥料产品成本具有比较优势。
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