有机肥的缺点是养分低、见效慢、成本高、运输及田间用工量大，但是有点很多化肥合理配用确能改良土壤、培肥地力、提高农产品品质。
商品有机肥是个好肥料，然而推广起来却略显艰难。商品有机肥的施用有利于消纳农业有机废弃物、改善农村生态平衡、提升耕地质量，综合效益为社会共享，政府部门积极推动，而农民作为消费者，在当今农村青壮劳动力大量转移的情况下，如果不能走出比较效益低的怪圈，仅仅靠一般号召，农民的积极性很难调动起来。找到政府、企业和农民积极性的契合点，才能破解这道难题。
长期大量单施化肥易引起土壤质量退化、土壤次生盐渍化、氮素淋失或挥发以及有益微生物减少等问题，单施有机肥又不能满足作物生长前期对速效养分的需要。该如何拿捏分寸呢？江苏经过试验确定施肥总量后，依据种植的蔬菜种类、生育期长短、目标产量、品质和效益等综合因素，安排不同施氮水平下的有机氮与无机氮配施比例效果试验，确定有机肥与化肥配施最佳比例。
以不同施氮水平下有机肥与化肥配施对代表性的露地蔬菜产量的影响研究为例，供试蔬菜有瓜菜类（黄瓜）、茄果类（番茄）、根茎类（马铃薯）、叶菜类（菠菜），试验设4个施氮水平，结果表明，瓜菜类和茄果类有机肥与化肥配施比例以2∶8为宜，根茎类以3∶7为宜。果园、茶园，又有差异。
依据因缺补缺原则，农技人员还需推荐中微量元素施用量。针对不同中微量元素的缺乏程度和时期，根据不同作物对元素的吸收特性，通过叶面喷施中微肥，严重缺乏时结合土施加以矫正。如番茄对钙、镁、硼等元素较敏感，则对钙、镁和硼重点补充。
据省耕保站统计，2011~2013年江苏全省各种渠道推广应用商品有机肥料数量为466万吨，其中，省财政补贴108.34万吨。3年累计在蔬果茶园地推广应用2124.54万亩，年亩均用量219.3公斤。今年江苏进一步加大了财政补贴力度，省级财政补贴标准由之前的150元/吨，上升到200元/吨，商品有机肥的推广应用也正向粮食作物拓展。
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