一、复合肥企业税赋增加
复合肥生产企业无论大小，基本都是盈利的，企业进项税普遍小于销项税（不考虑固定资产投资的抵扣），也就是说开征增值税，必然会增加复合肥生产企业的税赋。
二、大、小企业价格差距或进一步拉大
复合肥销售的下游客户以小规模纳税人为主，并不需要进项抵扣（要不要发票无所谓）。对财务不规范的小型复合肥企业来说，在销项大于进项税额的情况下，完全可以通过销售不开票的方式，降低增值税的纳税额。对大企业来说，财务很健全，不可能有两本账，即使下游不要发票，也会按正常的价格正常开票，造成纳税额要大大高于小企业，从而拉大大小企业间价格的差距。
三、对新产品的推广有所抑制
增值税是对“增值”部分征税。复合肥新产品的定价高，利润高，增值大，推广中大量采用会议营销等推广手段，很多环节很难确保取得增值税进项发票用于抵扣，造成新产品的纳税额大大提高。在企业保持增值税开征之前同样利润的情况下，新产品的价格就会进一步提高，拉大同传统产品间的价格差距，从而抑制新产品的推广。
四、单质肥销量或将提升
开征增值税后，复合肥的纳税额将大大高于单质肥，使得复合肥进一步丧失对单质肥的价格优势，可能会促成更多的农民宁愿牺牲复合肥的方便性而选择便宜的单质肥。
化肥开征增值税影响深远，具体如何影响市场，还有待进一步观察。
