现在，不少地区给作物上肥料的时候，用生物菌肥代替了化肥。
中国农民大规模使用化肥农药始于２０世纪６０年代中期，几十年来化肥使中国的粮食产量得到了大幅度提高，但是也造成了相当大的负面影响。目前农民大多数是直接将化肥农药洒入田里，这不仅不能向作物提供持续的养料，而且在下雨和浇灌时会将大部分化肥农药冲走，由于无法进行集中处理，最终进入江河湖海，这些被污染的水又被人们饮用，可谓是害上加害。
长期过度使用化肥，已经造成中国许多农田的土壤板结，施肥的效果下降，最终又带来产品的品质下降，这直接表现为产品的口感差了。因此许多人抱怨“蔬菜没有从前的味道好了”。
为了克服使用化肥的诸多负面影响，中国科学家正在研究用菌肥代替化肥。云南省环境科学研究所科技产业部主任张涛说，他们与清华大学合作，把一些细菌经过技术处理后使之成为能够固化土壤、保持营养物质的生物细菌肥料。这种菌肥不会像传统化肥那样给环境带来污染，而且可以为植物提供均衡全面的营养，使植物长得更健壮，品质明显改善，病虫害发生的概率也大为降低。生物菌肥是将农作物的秸秆剁碎后放入发酵池中，加进菌种，经过与牲畜、人的粪便混合发酵后取出来施到田里。这些细菌能够较好地固化空气和土壤中的氮，同时具有分解磷和钾的特性。氮磷钾是植物生长必需的营养物质也是污染水源的主要物质，经过分解后的氮磷钾对水的污染会降得很低。
中国化肥网小编了解到对蔬菜施用生物菌肥的实验表明，它们比用化肥生长得好，菌肥的特点是能持续供给养分。她说，和化肥不同的是，菌肥不会积淀在植物叶片上或土壤中，在遇到降水就会随之流走。它可以把固态氮转化为易吸收的离子态的氮，这使板结的土壤变得柔软。
