农家肥发酵菌是专用处理农家肥畜禽粪便堆肥发酵的微生物发酵菌种，农家肥发酵菌具有生物除臭、堆肥腐熟完整、发酵速度快等功能，堆肥发酵时温度能达到65℃以上，有效杀死农家肥畜禽粪便发酵物中的有害菌、虫、虫卵、草籽并降解抗生素残留等。农家肥鸡粪、猪粪、牛粪、羊粪等畜禽粪便是发酵生产生物有机肥的优选有机肥原料。
在热带和亚热带地区，全年中大部分时间都很温暖，因而堆肥过程很少利用嗜冷微生物。大多数堆肥过程都是由嗜温微生物从中温开始的，嗜热微生物也能将堆肥的温度升至热温范围。堆肥发酵菌在堆肥中的微生物在分解过程中产生大量的热来给堆肥加热。45℃-60℃以上在适当保存的堆肥中属于正常温度。这种高温对快速分解是必需的，而且有利于破坏杂草的草种、昆虫的幼虫、有害细菌等，并能抑制某些疾病的滋生，以免这些疾病产生有害微生物阻碍植物的正常生长。
农家肥发酵菌一般是高温速效复合菌剂，可使堆料温度很快上升，快速、充分发酵腐熟，约10-15天即可完全腐熟（视环境温度而调整）；通过持续高温和微生物平衡，抑制堆料中的有害菌、虫、虫卵、病原菌滋生；可以分解产生恶臭气体的有机物质、有机硫化物、有机氮等，并抑制腐败微生物的生长；在堆肥的过程中养分由无效态和缓效态变为有效态和速效态；形成具有优良吸水保湿特性的聚麸胺酸天然材料，防止肥份和水份的流失，从而达到富集养分作用。
