其实，除了直接施用化肥，生产中还可以通过合理的种植、施肥、田管技术提高肥料利用率，从而达到化肥减施目的，其中不乏巧妙补充作物所需微量元素的聪明办法和有益探索。
作物间套作可以提高肥料利用率，从而改善作物的缺素状况。例如小麦、玉米和花生间作，可以有效缓解和改善花生缺铁状况。科研证明小麦/玉米根系分泌物到达间作花生的根际螯合土壤中，使得难溶性铁溶解并被花生吸收利用，可以明显改善花生的铁营养状况。
而需要嫁接的作物，把其一个接穗嫁接上双砧木或多砧木，可以有效改善植株生长状况，明显增强作物长势，提高作物产量和抗逆性。该项技术目前已在江西赣南脐橙产区被果农普遍采用，他们在原有枳壳砧木基础上，再靠接酸橙等砧木，使得很多弱树和黄化树的树势很快恢复。另外，双砧木方法在苹果、黄瓜、番茄等作物上也有较多应用。双砧木嫁接综合了两单砧木各自的优良特性，而且双砧木嫁接后植株根系发达，显著增强了根系对水分和养分的吸收，可提高水肥利用率。
此外，通过改良土壤的理化性状，例如对南方较为贫瘠的酸性红壤，通过主要由农业废弃物秸秆等制取的生物炭来提升土壤有机质、改善土壤结构、降低土壤酸度、活化养分离子、吸附有毒金属离子等，既能缓解由于养分淋失引起的环境问题，也能为秸秆资源的有效利用提供一条新途径。
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