近年来人们对土壤及其微生物研究内涵的认识扩展和深入了。土壤微生物学主要是研究土壤肥力和物质循环。人们对绿色农业和有机农业的渴望，给土壤微生物学的发展带来了机遇和挑战。（1）土壤微生物的多样性研究和土壤微生物资源开发；（2）微生物与植物生长的关系：植物在土壤中不能脱离微生物而生长，特别是根区微生物和共生微生物。根区是植物生长中根系直接影响的土壤范围，是微生物与植物相互作用最活跃的界面。当前，人们对根区微生物动态的认识仍然很粗浅，因而使某些有益微生物的应用缺少理论依据和正确指导。必须大力发展和应用原位研究技术才能认识根区微生物的活动规律，分子标记技术能够跟踪微生物在根圈的动态、研究微生物群落结构、微生物与植物之间的相互作用。微生物和植物共生是很普遍的现象。根瘤菌和豆科植物共生结瘤固氮是研究微生物和寄主相互作用的很好模型，已取得重要的进展，但仍需要渗入了解其分子机理。菌根的研究和应用也很迫切。现在植物内生菌引起了人们很大的关注，包括细菌和真菌，他们虽然不与植物形成特殊形态结构，但二者关系密切；（3）有机质分解和碳、氮、磷、钾等元素转化的研究；（4）土壤的微生物治理研究。这些方面的研究成果将有力地促进微生物肥料的研究和应用的发展。
开发丰富的土壤微生物资源可为人类的健康和生活带来巨大利益。另外，如何正确引导农民合理调整施肥结构、研制推广肥效明显无污染的新型微生物肥料，以实现农业生产增产增收、改善农产品品质、恢复和提高土壤可持续成产能力，已成为当前农业生产上亟待解决的问题。新型微生物肥料研究一直是供给农业高技术领域竞争的重要领域。在国内，各种微生物肥料、微生物有机肥料以及控释肥料、缓释肥料、长效肥料等肥料新产品大量推向生产资料市场，成为调整目前不合理的施肥结构、推动我国农业可持续快速发展的新动力。
微生物肥料是指含有或的微生物的特定制品，应用于植物生产起到特定的肥料效果，这种效应产生过程中，制品中活的微生物的生命活动起关键作用，这些生命活动增加了作物营养元素的供应量。以微生物生命活动导致农作物得到特定的肥料效应，达到促进作物生产，或产量增加，或质量提高的一类制品就是通过所说的微生物肥料，亦称菌肥、生物肥料、接种剂，是对作物生长有益的微生物，经过分离、培养制成的微生物制品，如固氮菌、根瘤菌等。
尽管对其名称、作用等方面还有不同的看法，但这类制品中含有一定量特定功能的微生物，而且这些活体微生物起重要的作用则是这类制品的共同特点。从微生物肥料的概念中可知，它与传统的肥料的概念有着较大区别。微生物肥料既包括直接供应养分的传统发给聊范畴，如根瘤菌固氮微宿主植物提供氮素营养，也包括促生、拮抗病原微生物等效应的范畴，如PGPR的促生抗病作用。后一范畴的微生物制品是目前和将来新品种研制、开发和应用更为活跃的领域。与其他国家相比，我国的微生物肥料具有品种多、应用范围广的特点，尤其是在研制开发微生物与有机营养物质、微生物与无机营养物质复合而成的新产品方面，已处于国际领先地位。这些产品目前在我国已形成较大生产规模，在降低化肥使用量，提高化肥利用率和减少化肥过量施用导致环境污染方面，已取得了较好的下过，研制开发具有十分广阔的前景，但是同时必须认识到提高产品质量，降低生产成本，稳定应用效果仍是该行业当前面临并且亟需解决的课题。
作为农业生产中使用的肥料制品，微生物肥料与施用化学肥料相比，施用微生物菌肥可以补充土壤中起特定作用微生物数量的不足或取代品质低劣的微生物，从而促进土壤微生物的旺盛活动。此外，微生物肥料还具有肥效好、肥效长、作用体内无残留毒素、无副作用、不污染环境、成本低、经济效益高、用途广泛等诸多优点，它能保育、改良土壤，提高土壤肥力、防止环境污染和土壤恶化，建立起高产农田的良好生态系统，进而促进农业的稳产和高产。与化学肥料、有机肥料、绿肥性质相比，它是通过微生物生命活动导致农作物得到特定的肥料效应使其茁壮和产量增加的一类制品。随着现代农业大力倡导绿色农业、生态农，微生物肥料将会在未来农业生产中扮演重要角色。土壤中有大量的微生物，除了极少数对农作物有害外，大多数对农作物的生长发育起着重大作用。人们了解微生物的宝贵作用后，就想把这些有益的微生物分离出来，提供适合的条件和养分，让他们大量繁殖，然后又施进地里，让他们在作物根系周围生子传孙，从而提高土壤肥力，改善作物营养，这就是微生物肥料，俗称菌肥。
