1999年，国家发展技术与改革委员会，科学技术部共同编制的《当前优先发展的高新技术产业化重点领域指南》农业项目中，第一次明确将“高效有机肥商品化生产工艺与成套设备”列为优先发展的产业。2000年，科技部，财政部和国家税务总局发布《中国高新技术产品目录2000》在新型肥料中明确提出生物有机肥的概念，并给出了申报高新技术产品的界定条件：以动物废弃物为主要原料，经生化处理后，田间固氮菌，解磷菌，解钾菌微生物菌群及多种微量元素和生物活性物质复配而成。
生物有机肥由有机肥和微生物肥料组成，在有机素菜，有机水果，有机茶，有机粮食施肥过程中，可以施生物有机肥，但不能施含有化肥的复合微生物肥料。
生物有机肥不能与化肥任意混合，有些化肥与生物有机肥混合后肥效反而降低。生物有机肥有许多优点，但是并不能完全代替其他肥料，在施用时，应注意以下几点
1.微生物肥料本身矿质营养元素含量较低
纯粹的生物有机肥氮磷钾总含量通常不超过10%，甚至在5%以下，有些农民不了解这一点，往往只施这一种肥料，而且施用量像施用高浓度复混肥一样，结果是生长季中后期常常发生果树脱肥现象。正确的用法应当是，秋季或早春施入生物有机肥，6-7月以后适当补施复混肥。
2.微生物的生长繁殖需要消耗有机物质，以提供所需能量和营养
在施用生物有机肥的同时，应增加有机肥，农家肥的施用量，最好把生物有机肥与有机肥混合后做基肥施用。
3.生物有机肥不能与部分化肥，杀菌剂，石灰等一起施用，以免杀死菌体。
生物有机肥在存放过程中，菌体处于休眠状态；当施入土壤后，如湿度，营养等环境条件适宜，微生物便开始大量繁殖生长。但如果与化肥，石灰，杀菌剂一起施用，在土壤中解除休眠状态的菌体易被杀死，达不到原本的施肥目的。
