近年来在水产养殖环境日趋恶化，病害频发，抗生素滥用等负面影响的情况下，复合微生物肥料以其天然，无毒，无副作用，无污染，无残留和练剑，高效，安全可靠的优越性，正在被广泛地应用和推广，创造了巨大的经济的专用复合微生物肥料，一般由有机和无机营养物质，微量元素，有益菌群和生物素，肥料增效剂等复合组成。有机营养物质常用鸡粪有机肥，其既能培肥水体，促进雨，虾，蟹，蚌饲料生物的大量繁殖生长，又能改善水质，减少病害，有效避免泛塘。
水产养殖应用复合微生物肥料具有四大优点。
1.来肥迅速，肥效持久
一般晴天上午使用，第二天即会产生水色变化，正常情况下肥效可持久达10d左右。培肥的水色以硅藻，裸藻，隐藻，金藻和轮虫等饲料价值高的黄绿色至黄褐色为主，与传统化肥的墨绿色，蓝绿色的水色有明显区别。
2.调节水质，改善底质
复合微生物肥料中所含的微量元素除供给水生生物直接利用外，还可与水体底质中某些有害物质结合，解除其毒性，减少对养殖鱼，虾，蟹，蚌的毒害。同时通过在肥料中有益微生物的作用，可降低水体中的悬浮物及降解氨氮，硫化氢，烟硝酸盐等，对调节水质，改善底质也有很好的作用。
3.增加溶氧，减少浮头和泛糖
除水质调节能调高水体的溶氧外，复合微生物肥料中的生物素可提高藻类的新陈代谢，增强光合作用效率，合成较多的有机物，产生氧气，有效地避免缺氧现象。
4.提高免疫能力，预防疾病
微生物肥料的生产工艺。一般需经微生物发酵处理，肥料中的致病菌能被有效的一直。其所含的微量元素能改善水生生物机能，提高其免疫力，增强抗病力，同时，水体环境的改善，水中溶氧量的增加，也可以减少病害发生。
