我国是一个果品生产大国，但在果园的地下和地上管理上，由于长期，单一的使用化肥，喷施农药，造成土壤板结，营养单一，有机质含量低，有益微生物减少，土壤理化性质恶化，土壤，果品中重金属，有益微生物减少，土壤理化性质恶化，土壤，果品中重金属，农残污染严重，含量超标，从而影响了果品质量，限制了我国果品的出口，通过土壤追施复合微生物肥料影响苹果幼树根系吸收重金属效益的研究表明，复合微生物肥料可以减少根系对铜的吸收，在低剂量处理下，施用复合微生物肥料的根系铜含量较不施用的降低15%，在中高剂量处理下，根系铜含量分别为30%和50%。复合微生物肥料可以降低苹果根系对镉元素的吸收。在低中高剂量处理下，施用复合微生物肥力处理的苹果根系中镉含量比不使用复合微生物肥料处理分别降低了12%，15%,24%，随着土壤中镉浓度加大，复合微生物肥料处理的根系镉含量降低的效果越明显，在高剂量处理下，镉含量降低幅度最大，复合微生物肥料减少根系吸收铜的效果比镉更明显。
在无机营养水平相当条件下，冬小麦使用复合微生物肥料表现群体发育动态平稳，植株性状和产量构成因素显著改善，抗倒伏能力增强。籽粒产量明显提高；复合微生物肥料既能够直接为土壤微生物提供有机能源，又能够通过改善小麦株体营养和根际土壤环境促进微生物的繁衍并延缓土壤微生物的衰减速率，使其长时间保持旺盛的生命活动；同时能过激活脲酶，磷酸酶，过氧化氢酶等土壤中的酶的活性；从而实现改良培肥土壤，增强土壤肥力，提高作物营养水平的目标。
复合微生物肥料可以提高草莓产量，显著提高草莓果实中维生素C，蛋白质及全糖含量，降低酸度，从而改善草莓品质，并显著降低常见病害如白粉病，灰霉病和根腐病的发生率。这主要是由于生物菌剂的参与，使土壤中有益微生物成为优势菌群，限制了有害菌的数量与活动；同时微生物活动过程中也会产生一些分泌物如植物激素类物质，有机酸，维生素，多糖等，可以刺激作物生长，防治病害发生。另外，有机质中腐殖酸对增强作物抗性也有积极的促进作用，从而使病害发病率明显下降。
