一，科技含量低。发达国家发展工厂化农业采取的是“高投入、高产出”的高科技泸县，而我国由于技术和经济的原因，采用的是低投入、低能耗的技术体系。温室结构建议，环境控制能力差；栽培管理主要靠经验，与数量化和指标化生产管理的要求相差甚远；温室种植品种也大多是从常规品种中筛选出来的，还没有专用化、系列化的温室栽培品种，设施条件下农产品的产量和品质始终在低水平上徘徊。
二，设施水平低下。我国设施栽培面积很大，但设施装备的水平低下：90%以上的设施让仍以简易型为主，有些仅距简单的防雨、保温功能；抗御自然灾害能力差；土地利用率低，保温、采光性能差；保温功能 ；作业空间小，不便于机械操作；对设施内的温光水肥等环境因子的综合调控差。虽在一定程度上适应了比较落后的农村经济状况和较低的人民生活水平的需求，但不适应现代农业发展需要。
三，机械化程度低，劳动强度大。我国设施农业机械的配套水平不高，机械化作业水平低，生产仍以人力为主，劳动强度大。现有的产品机型不多，且多为借用已有的陆地用小型耕耘机械。机械化水平低也是制约我国设施农业发展的瓶颈。
四，运行管理水平较低。现代设施农业具有市场化、高技术和企业化3个特点，是硬件设施和软件技术的统一体。当硬件设施建成后，软件技术将起到主导作用。设施农业发达的国家除了拥有先进的硬件设施，还建立了生产-加工-销售有机结合、与市场相适应的运行管理机制。目前，我国还没有建立起这种管理机制，仍然以经验的、粗放的管理手段为主。硬件设施可通过一次性投资完成，而后期管理和运作不是一朝一夕能达到预期目标的。
此外，我国设施农业目前还存在着如土地利用率低、劳动生产率低、经济效益不太明显等诸多问题。
