磷肥中常含有不等量的副成分，如磷肥中常常含有氟、镉以及其它重金属元素、有毒有害化合物以及放射性物质，长期施用会在土壤中累积，这些物质在农业环境中的积累、迁移，有可能对环境带来危害，造成土壤污染；同时磷肥生产过程中，部分有毒、有害物质进入磷肥产品，也通过施用也进入土壤。随着大量地使用磷肥，我国累积施入农田的磷肥有7880.9*104t（P2O5），其中大约6000*104t（P2O5）积累在土壤中。农田生态系统中磷素盈余使得土壤中的总磷和有效磷的水平不断上升。磷肥的过量施用增加了对环境污染的风险。土壤中磷径流、淋溶对水环境产生影响。随磷肥施入土壤的重金属对土壤环境产生了明显的影响，化肥磷肥的施用对土壤生态环境的影响不容忽视。长期施用磷肥可隐去土壤中重金属的污染，使这些重金属元素在作物种的含量较高。影响了农产品品质，增加了对人畜健康危害的可能性。
磷肥含有多种痕量元素组分，有些属于有毒、有害元素，因这些元素在土壤中不能为微生物降解，移动性和淋失量较小，在种植作物时逐渐向耕层集中，长期施用在土壤中累积，造成土壤污染，通过农作物和动物产品进入食物链危害人类健康。
大量使用磷肥，含磷化合物的施用与排放严重破坏了磷的自然循环和社会代谢，造成环境污染，其中水圈与生物圈受磷的影响最为明显。磷对水体富营养化作用起关键作用因素。我国主要河流和海域的水质情况不容乐观，如珠江广州河段、长江、黄河、渤海和东海等水体中总磷污染均已严重超过国家标准。在我国自然水体的各种污染物中，磷污染已排名榜首。我国主要湖泊处于因磷污染而导致富营养化的占湖泊的56%。其中，磷是导致水体富营养化的主要控制因子。水体富营养化会造成水总藻类等水生生物大量地生长繁殖，水体中有机物积累，破坏水生生态平衡，造成水体感官性能变差、自净能力减弱、水质下降、供水成本提高和湖泊沼泽化，影响食物链，使人类、动物、家蓄等中毒死亡等。减少磷对环境影响的途径：1，科学制定磷肥用量，特别是控制磷肥不适当的高用量；2，磷肥必须施入土中并和土壤均匀混合；尽量提高磷肥利用率，减少累积；3，磷肥与腐植酸合理结合利用。
