种肥是与作物种子播种或幼苗定植是一起施用的肥料，菌肥施用方式有多种，常用的有拌种、浸种和蘸秧根三种方式。
一，拌种法：拌种法是将一定量肥料与一定量的种子均匀拌和，然后进行种播，如一亩地小麦用种量和3-5kg事先与5-10kg干细土混合均匀的微生物肥料拌和后随即播种，可显著地提高微生物肥料的利用率，促进小麦植株生长。
二，浸种法：浸种法是用一定浓度的肥液浸泡种子，然后将种子涝出晾干后播种。如用微生物肥料溶液浸没小麦种子1-2小时，然后捞出稍加晾干后播种效果很好。
三，蘸秧根：蘸秧根是常用于水稻的种肥施用方法，是将肥料与有机肥或泥浆调和成糊状，蘸秧根后再插秧。
