根瘤菌剂主要用于拌种，其方法是：先将菌剂（每亩用量100-250g）用水（每亩用量250--500g）调成糊状物，然后将供试作物种子拌入、拌匀，立即播种，随即覆土。在拌种和播种过程中，勿与农药接触，不要在太阳下暴晒。为了使根瘤菌在土壤中能较快地侵染作物，必须为他们提供一些条件。试验证明，当土壤pH为5.2时，施入的根瘤菌将有65%死亡；如果土壤pH＜4.5，则根瘤菌难以在土壤中存活。因此，对于酸性如让，在作物种子和根瘤菌剂拌和后，再与泥浆、钙镁磷肥或者石灰等物质拌和，形成丸衣，以利于根瘤菌在土壤中的存活。
使用的方式和事件与效果关系极大。试验表明，作种肥的比作追肥的好，早施的比晚施的好。一般以拌种的效果为最好。来不及作种肥的早期追施也有一定效果。
1）菌剂拌种：在室内或阴凉处拌种，避免暴晒。选取相应的根瘤菌剂放在清洁、光滑的瓷盆或木盆内，加少量米汤或清水调成浆状，与种子拌匀，务必使每粒种子都黏有菌浆，稍晾至湿润爽手即可播种，播后立即覆土。已拌过菌肥的种子要在当天一次播完，已开的菌肥必须在当天用完。要消毒的种子应提前2-3天进行消毒，以免影响根瘤菌活性。如果要同时伴磷肥或菌肥，则要先伴菌肥，稍晾干后加少量泥浆裹种，再拌磷肥等。磷肥最好用钙镁磷肥或其他热制肥料，若用过磷酸钙必须加2倍的草木灰或适量的细土中和其游离酸，否则，会影响种子的发芽和根瘤菌的活动。一般每亩用过磷酸钙2.5kg、草木灰5kg。用钙镁磷肥拌种的不能加草木灰，以免碱性过大。
飞机播种豆科牧草接种根瘤菌，应采用丸衣接种技术。即将水溶性的或易分散的黏着剂与根瘤菌剂调匀，再与种子拌匀，然后加固体丸衣材料拌至每粒种子都被固体丸衣材料包裹、晾干，再将根瘤菌接种在丸衣里可延长菌的存活时间，并减轻土壤干旱、盐分、酸度等不利因素对根瘤菌的危害，有利于根瘤菌的侵入和结瘤。
苗期泼浇：播种时来不及拌菌或拌菌出苗20多天后没有结瘤的可补施菌肥，即将菌剂加入适量的稀粪水或清水，一般1kg菌剂加水50-100kg，苗期沟浇到根部。补施菌肥用量应比拌种的量大4-5倍。泼浇要尽量提早。
根瘤菌供应不足的可用客土法。客土法是在豆科作物收割后取表土放入瓦盆内，下次播种时每亩用此客土7.5kg，加入适量的磷肥、加肥拌匀后拌种。
