近几年，由于果树树龄增长、有机质、微生物菌群不足，根际环境越来越恶化，导致苹果根腐病有逐年加剧的趋势。根腐病不仅在苹果、梨树上发生，在桃树、葡萄、核桃等作物上也都有发生。
一般只有地上部分症状明显时，才能发现根腐病，但此时治疗往往为时已晚。地上部分症状出现后，树体即丧失结果能力，如果不及时治疗，将会逐年衰弱死亡，挖后重栽也可再次侵染，甚至导致毁园。过去防治根腐病侧重于药剂灌根，成本较高，有效期短，易于复发。所以，改良土壤、生物防治是治愈根腐病的有效途径。
加强土壤管理，合理施肥改土。结合秋施基肥是对根腐病进行有效控制的一项关键措施。方案如下：
每亩10年以上果树基肥配比：5袋海金刚+5桶锦风168（5公斤装）+5袋无影锄+5瓶爱多收（150毫升装）。能膨果、生根、治病、壮树、松土，“五位一体、省工省资”。
另外，改果园清耕为生草种草，增加植被，清除枯枝落叶，减少病源基数，防止腐烂病菌削弱树势，诱发根腐病。对已发病的果园，应及时晾根、晒土、换土，防止其扩散传染。要注意合理修剪，控制结果量，防止早期落叶，增强树势，提高抗病能力。
