一是施用磷肥过量，会使作物从土壤中吸收过多的磷素营养。过多的磷素营养会促使作物呼吸作用过于旺盛，消耗的干物质大于积累的干物质，造成繁殖器官提前发育，引起作物过早成熟，籽粒小，产量低。
二是诱发土壤缺锌。过量施用磷酸钙后，会使土壤里的锌与过量的磷作用，产生磷酸锌沉淀，作物无法吸收，使作物出现明显缺锌症状；过量施用钙镁磷肥等碱性磷肥后，会使土壤碱化，使锌的有效性降低，影响作物对锌的吸收。
三是过量施磷会使作物得磷失硅。过量施用磷肥后，还会造成土壤中的硅被固定，不能吸收，引起作物缺硅，特别是对喜硅的禾本科作物的影响更大。如喜硅作物水稻，若不能从土壤中吸收到较多的硅元素就会发生茎秆纤细，倒伏及抗病能力差等缺硅症状。
四是过量施磷会使作物得磷缺钼。适量施用磷酸二氢钾磷肥，会促成作物对钼的吸收，但过量施用磷肥，却会使磷和钼失去营养平衡，影响作物对钼的吸收，表现出“缺钼症”。
五是造成土壤中有害元素积累。磷肥主要来源于磷矿石，磷矿石中含有许多杂质。其中包括镉、铅、氟等有害元素。而且施用磷肥会引起土壤中镉的增加，其年增长量分别为0.15％和0.08％，且这种镉有效性高，易为作物吸收，给人畜造成危害。
六是过量施磷肥会造成土壤理化性质恶化。过磷酸钙含有大量的游离酸，连续大量施用，会造成土壤酸化。钙镁磷肥含有25%-30%的石灰。大量施用会使土壤碱性加重和理化性质恶化。
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