锰对植物体内的多种生理生化过程有很大影响。它参与光合作用，与二氧化碳的同化作用有关。与植物的呼吸作用和氧化还原过程也有联系；并且是植物氮素代谢中的活跃因子;还是合成维生素丙和核黄素的重要因素之一。
1．增强光合作用。由于锰是叶绿体的结构成分，是维持叶绿体结构所必需的微量元素，在叶绿体中含有丰富的锰。植物体内锰素营养不足，常常引起叶片失绿、而使光合作用有一定程度的减弱。锰素供给充足时，能够减少正午光合作用所受到的抑制，从而使光合作用得以正常进行，有利于体内的碳素同化过程。
2．调节体内氧化还原状况。锰还能提高植株的呼吸强度，调节体内的氧化还原过程。如植物体吸收入硝态氮时，锰起还原剂作用，而在吸入铵态氮时，又起氧化剂作用。因此，在这些氧化还原过程中，担当着催化剂的角色。同时，在这些过程中，锰和铁之间存在着相互影响，锰素能调整二价铁和三价铁彼此间的转化关系，进而影响借助于铁盐而完成的氧化还原反应。
3．促进氮素代谢。锰素对植株的氮素代谢有着显著影响，缺锰的业主中游离氨基酸有所累积。这种累积与蛋白质的减少有关。可能是由于缺锰影响到蛋自质的合成所致。有人发现小麦施锰，使籽粒中全氮量和蛋白质成分中的麦胶蛋自质含量均有增长。同时，豆科作物施用锰肥，根系中的根瘤数目和大小均有增长，根瘤菌的固氮能力增强，根的重量和土壤耕层中的含氮量均有提高。
4．有利于生长发育。在锰素的影响下，不仅对胚芽鞘的延伸有刺激作用，而且加强了种子萌发时淀粉和蛋自质的水解过程，使单糖和氨基酸的含量，比未经锰盐处理的种子要高，对促进小和带水稻种子的萌发以及幼苗的生长十分有利。它还能加速同化物质尤其是蔗糖从叶部向根部和其它器官的转移，为植株各部及时提供充足的碳素营养和能量，促进植株的生长发育。如棉花施锰不仅减轻蕾脱落现象，而且使收获较早的一级籽棉显著增多;柠檬施锰还可使开花期大大提前，花量的增加也很明显。
5．降低病害感染率。孟素营养充足可以增强多种作物对某些病害的抗性。施锰使大麦对黑穗病、黑麦对黑粉病和坚黑穗病的感染率大大降低。东黑麦种子在高锰酸钾溶液中进行春化处理，可提高冬黑麦对锈病的抵抗力。施锰还能提高洋芋对晚疫病以及甜菜对立枯病和褐斑病的抗性。锰作亚麻的种肥，可减轻亚麻对立枯病、炭疽病和细菌病的感染。
此外，在锰素的影响下，能够增强小麦等作物的耐寒性。
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